isa工具数据模型和isa-tab的实现
altamisa的Python项目详细描述
阿尔塔米萨
altamisa是ISA-toolsdata model和ISA-Tab file format的替代实现。
另外：
Ambrosia peruviana is a species of plant in the family Asteraceae. It occurs from Mexico south to Argentina, being common in the Antilles and the Andes.
In its native range, A. peruviana is used as a medicinal plant with analgesic, antiinflammatory, anthelmintic and antiseptic properties.
对于不耐烦的人
$ pip install altamisa
## OR
$ conda install altamisa
什么是isa和isa tab？
isa（调查研究分析）定义了描述生命科学实验的数据模型。 isa tab定义了一种基于tsv（tab分隔值）的文件格式，用于在文件中存储isa数据。 很快，实验就被DAG（有向无环图）编码，这些DAG是从来源（如供体个体）采集的样本，然后进行“操作”（如提取、分析、转化），从而产生不同的下游“材料”。
为什么是阿尔塔米萨？
在2018年初尝试使用正式的python包时，导致了一些挫折。
甚至官方的isa选项卡示例也被解析为非预期的图形结构。
由于没有完整的自动化测试，尝试对isa-api进行bug修复是困难的。
而且，isa-api的范围要广得多（包括isa tab和其他格式之间），因此我们预计维护成本会很高（开发had apparently stalled）。
简要事实
历史记录
V0.2.2
- 更新joss的文档。
V0.2.1
- 正在添加joss纸张草稿。 在Windows上编写空行（52）的固定问题。
- 使用手动创建模型的示例更新文档。 修改作者文档。
- 固定包装（α58）。
v0.2.0
- 切换到
attrs而不是使用Namedtuple。 这消除了一些关于构造函数重写的缺点，但是应该提供相同的功能。 - 文档的各种更新。
v0.1.0
首次公开发行。
- 从isa-tab解析器和基于
NamedTuple的数据模型开始。
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