als bl 4.0.2衍射仪数据的建立与分析
ALS.Milo的Python项目详细描述
als.milo（0.15版）
概述
milo是一套用于读取、处理和分析的python模块 在位于的散射室收集的数据 beamline 4.0.2（a.k.a.bl402）的advanced光源 （加州伯克利，美国）。
它分布在namespace包，als下。
安装
从pypi安装
als.milo可以使用pip从pypi安装。
下面的示例演示了如何。
>> sudo pip install ALS.Milo
从本地存储库安装（下载）
als.milo可以从项目存储库的本地副本安装
使用pip。下面的示例演示了如何。
>> cd ALS.Milo-0.15.1/ # Local directory of project repository >> sudo pip install .
背景信息
来自BL402散射室的数据存储在两种类型的文件中：
fits文件：ccd捕获的每个图像（a.k.a.相机）是 使用fits格式存储在单独的文件中。更多详细信息如下。https://fits.gsfc.nasa.gov/fits_documentation.html
扫描摘要文件：当运行扫描序列以收集数据时，文本 创建文件以汇总扫描参数和收集的数据。
每个扫描摘要文件都包含一个描述扫描和 记录的数据类型，后跟数据行—每个数据点一行。一个 instrument scan在可以 用于访问扫描期间记录的CCD图像。
用法
class CcdImageFromFITS封装了加载ccd数据的操作
从fits文件（包括头信息）访问该数据，以及
将ccd屏幕坐标（像素）转换为相互的空间坐标。
可以使用以下命令
访问qimage模块中的CcdImageFromFITS类。
fromals.milo.qimageimportCcdImageFromFITS
要读取fits文件，请使用构造函数：CcdImageFromFITS(filename)，
其中filename是fits的可访问（相对或绝对）文件路径
文件。
二维数据数组可以通过实例成员访问，
data。
ccd_image=CcdImageFromFITS("NiFe_8044-00024.fits")ccd_image.data# 2D array with shape (num_rows, num_columns)
使用成员计算每个像素的倒数空间坐标
函数，qvalues_df()。返回值是pandas数据帧（df），其中
每一行对应一个像素。列["Qx", "Qy", "Qz"]是
倒数空间矢量的衍射仪坐标
nm-1（q=2π/d）。每个像素的强度在列中，
"Counts"。
ccd_image = CcdImageFromFITS("NiFe_8044-00024.fits")
q_ccd_df = ccd_image.qvalues_df()
q_ccd_df["Qx", "Qy", "Qz", "Counts"] # CCD data in reciprocal space
版权声明
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