用于读取和写入图像数据的python库,带有艾伦细胞科学研究所生物格式的特殊处理程序。
aicsimageio的Python项目详细描述
aicsimageio
用于读取和写入图像数据的python库,具有处理bio格式的特定支持。
功能
- 支持从文件路径或缓冲字节读取元数据和映像数据:
CZI
OME-TIFF
TIFF
imageio
支持的任何附加格式
- 支持为以下对象写入元数据和图像数据:
OME-TIFF
TIFF
imageio
支持的任何附加格式
免责声明:
为了准备3.0.0版的发布,这个包正在进行大量的修订。下面的快速入门很有代表性 如何在3.0.0下而不是当前稳定版本下与包交互。
快速启动
from aicsimageio import AICSImage, imread
# For numpy array of image data
im = imread("/path/to/your/file_or_buffer.ome.tiff")
# For AICSImage object that
im = AICSImage("/path/to/your/file_or_buffer.ome.tiff")
# Image data is stored in `data` attribute
im.data # returns the image data numpy array
# Image metadata is stored in `metadata` attribute
im.metadata # returns whichever metadata parser best suites the file format
注释
- 图像数据numpy数组总是按维度顺序返回为6维
STCZYX
或者Scene
、Time
、Channel
、Z
、Y
和X
。 - 每个文件格式可以使用不同的元数据解析器,它取决于读取器的实现。
安装
稳定释放:pip install aicsimageio
开发头:pip install git+https://github.com/AllenCellModeling/aicsimageio.git
开发
有关开发代码的信息,请参见CONTRIBUTING.md。
免费软件:bsd-3-子句