用于读取和写入图像数据的python库,带有艾伦细胞科学研究所生物格式的特殊处理程序。

aicsimageio的Python项目详细描述


aicsimageio

build statuscodecov

用于读取和写入图像数据的python库,具有处理bio格式的特定支持。


功能

  • 支持从文件路径或缓冲字节读取元数据和映像数据:
    • CZI
    • OME-TIFF
    • TIFF
    • imageio
    • 支持的任何附加格式
  • 支持为以下对象写入元数据和图像数据:
    • OME-TIFF
    • TIFF
    • imageio
    • 支持的任何附加格式

免责声明:

为了准备3.0.0版的发布,这个包正在进行大量的修订。下面的快速入门很有代表性 如何在3.0.0下而不是当前稳定版本下与包交互。

快速启动

from aicsimageio import AICSImage, imread

# For numpy array of image data
im = imread("/path/to/your/file_or_buffer.ome.tiff")

# For AICSImage object that
im = AICSImage("/path/to/your/file_or_buffer.ome.tiff")

# Image data is stored in `data` attribute
im.data  # returns the image data numpy array

# Image metadata is stored in `metadata` attribute
im.metadata  # returns whichever metadata parser best suites the file format

注释

  • 图像数据numpy数组总是按维度顺序返回为6维STCZYX 或者SceneTimeChannelZYX
  • 每个文件格式可以使用不同的元数据解析器,它取决于读取器的实现。

安装

稳定释放:pip install aicsimageio
开发头:pip install git+https://github.com/AllenCellModeling/aicsimageio.git

开发

有关开发代码的信息,请参见CONTRIBUTING.md

免费软件:bsd-3-子句

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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