aesop 1.1.0

伊索

（a）分析（e）静电结构（o）f（p）蛋白质

作者：里德·哈里森、罗希思·莫汉和迪米特里斯·莫里基斯

框架

• aesop是一个研究蛋白质内部静电结构的计算框架。库依赖于外部工具，包括：apbs、pdb2pqr、modeller和prody

• 原子选择

  • 必须根据prody（http://prody.csb.pitt.edu/manual/reference/atomic/select.html）的样式生成所有选择字符串

• 示例

  • 所有材料（例如案例）都在“测试”文件夹中提供

• 文档

  • 文档文件夹中提供的HTML文档

• 依赖项

  • APBS和PDB2PQR
  • 必需的python库：numpy、scipy、prody、matplotlib、modeler、griddataformats
  • 可选的python库：多处理

方法

• alascan

  • 使用侧链截断方案对所提供的蛋白质结构执行计算丙氨酸扫描
  • 如果提供2个或更多选择字符串，则可以预测突变体（相对于母体）的关联自由能
  • 用户可将突变限制在蛋白质结构的某些区域

• 定向突变

  • 使用Modeler对提供的蛋白质结构执行定向突变扫描以交换氨基酸
  • 如果提供2个或更多选择字符串，则可以预测突变体（相对于母体）的关联自由能
  • 必须指定突变

• elecsimilarity

  • 比较多个蛋白质结构的静电势
  • 如果结构非常不同，用户应根据其所需方法叠加每个蛋白质结构的坐标

一般实用程序

• aesop.plotscan（）

  • 显示计算突变方法结果的条形图摘要（Alascan，定向突变）

• aesop.plotesd（）

  • 显示探索静电相似性（电相似性）方法结果的热图摘要

• aesop.plotdend（）

  • 显示探索静电相似性（电相似性）方法结果的树状图摘要

注释

• 我们建议使用anaconda来帮助安装python科学库
• 根据您的平台，Prody可能需要安装一个可执行文件