AdaptivePELE 1.6.2

用法

使用控制文件作为输入调用adaptivepele 参数。控制文件是一个json文档，包含4个部分： 通用参数、仿真参数、聚类参数和产卵 参数。第一个块是指自适应运行的一般参数， 其他三个模块配置了自适应采样的三个步骤 运行，首先运行传播算法（模拟），然后对 获得的轨迹（聚类）并最终选择最佳起点 下一个迭代（生成）。

用法示例：

python -m AdaptivePELE.adaptiveSampling controlFile.conf

安装

有两种方法可以安装adaptivepele，来自pypi（推荐）或 直接从源头。

要从pypi安装，只需运行：

pip install AdaptivePELE

要从源代码安装，您需要使用以下命令安装和编译基本文件夹中的cython文件：

git clone https://github.com/AdaptivePELE/AdaptivePELE.git
cd AdaptivePELE
python setup.py build_ext --inplace

另外，如果adaptivepele没有安装在典型的库目录中，一个常见的选项是将其添加到本地pythonpath:

export PYTHONPATH="/location/of/AdaptivePELE:$PYTHONPATH"

文档

adaptivepele的文档可以找到here

贡献者

Daniel Lecina，Joan Francesc Gilabert，Oriol Gracia，Daniel Soler

mantainer

琼·弗朗切斯克·吉拉伯特（cescgina@gmail.com）

引文

adaptivepele是研究软件。如果你在科学出版物中使用adaptivepele，请引用它。bibtex参考号是：

@article{Lecina2017,
author = {Lecina, Daniel and Gilabert, Joan Francesc and Guallar, Victor},
doi = {10.1038/s41598-017-08445-5},
issn = {2045-2322},
journal = {Scientific Reports},
number = {1},
pages = {8466},
pmid = {28814780},
title = {{Adaptive simulations, towards interactive protein-ligand modeling}},
url = {http://www.nature.com/articles/s41598-017-08445-5},
volume = {7},
year = {2017}
}