abseqPy 0.99.4

目录

• 简介
  • abseq
  • 开发人员
• 先决条件
  • 依赖项的无缝安装
  • 手动安装依赖项
• abseqpy安装
  • 从pip安装
  • 从源安装
• 用法
  • 基本用法
  • 高级用法
    • gotchas
  • 帮助
• 支持的平台

简介

abseq

abseq是一个全面的生物信息管道，用于分析抗体库生成的测序数据集，abseqpy是其软件包之一。给定fastq或fasta文件（成对或单端），abseqpy生成clonotypes表，v-（d）-j germline注释，函数速率，以及 CSV和HDF文件组合中的多样性估计。抗体库的更专业化分析 像引物特异性、序列模体分析和限制性位点分析也在列表中。

此程序将与abseqr一起使用， 由abseqpy生成的数据的报告和统计分析包。尽管abseqpy在没有abseqr的情况下工作正常，但强烈建议用户也安装r包，以便利用管道的交互式html报告功能。abseqr的项目页面显示了分析类型abseq所提供的一些示例；完整的文档可以在abseqr的vignette中找到。

开发人员

• abseq由Monther Alhamdoosh和Jiahong Fong开发
• 有关意见和建议，请发送电子邮件至m.hamdoosh<；at>；gmail<；dot>；com

先决条件

abseqpy依赖于一些外部软件来工作，它们应该是正确的 在运行abseqpy之前安装并配置 < Buff行情>

abseqpy在Python2.7上运行。python 3.6支持正在进行中。

无缝安装依赖项

这是安装abseqpy外部依赖项的建议方法。

python脚本可以在这里下载并安装所有必需的外部依赖项。

此脚本假定以下内容已可用：

• perl
• git
• 巨蟒
一个HReF= ="HTTP://www. Oracle .COM/TeaTeWorks/Java/JavaSe/DeLosis/JRe8下载-2133155.HTML"Re="NoFoLoLy"> JavaJRE 版本1.6或更高
• < HRIF= ="HTTPS://Gcc.GNUORG/Re="NoFoLoL> C/C++编译器< /A>（Windows不需要）
• 制作。（Windows不需要）
• cmake（Windows不需要）

将外部依赖项安装到名为~/.local/abseq：

$ mkdir -p ~/.local/abseq
$ python install_dependencies.py ~/.local/abseq

$ git clone https://github.com/malhamdoosh/abseqPy.git
$ cd abseqPy
$ pip install .
$ abseq --version

$ abseq -f1 <read1> -f2 <read2> -o results --threads 4 --task all

# sample one, PCR1name:PCR1file1:fastq/PCR1_R1.fastq.gzfile2:fastq/PCR1_R2.fastq.gz---# sample two, PCR2name:PCR2file1:fastq/PCR2_R1.fastq.gzfile2:fastq/PCR2_R2.fastq.gzbitscore:300# override the defaults' 350 for this sample onlytask:abundance# override the defaults' "all" for this sample onlydetailedComposition:~# enables detailedComposition (-dc) for this sample only---# more samples can go here---# "defaults" is the only special key allowed.# It is not in abseq's options, but is used here# to denote default values to be used for ALL samples# if they're not specified.defaults:task:alloutdir:resultsthreads:7bitscore:350sstart:1-3

$ abseq --task all --outdir results --threads 7 --bitscore 350 --sstart 1-3 \
>   --name PCR1 --file1 fastq/PCR1_R1.fastq.gz --file2 fastq/PCR1_R2.fastq.gz
$ abseq --task abundance --outdir results --threads 7 --bitscore 300 --sstart 1-3 \
>   --name PCR2 --file1 fastq/PCR2_R1.fastq.gz --file2 fastq/PCR2_R2.fastq.gz \
>   --detailedComposition