PDB文件到角度再转换成PDB格式我有PDB文件,然后我把它转换成二面角的文件角度。但是现在我修改了一些角度,需要将这些修改后的角度再次转换为新的pdb文件。是有图书馆吗?你知道吗 我用prody,biopython库把pdb转换成a ...2024-06-01 已阅读: n次
Biopython的calc_chdihedral()需要哪些原子来计算所有3个二面角?我要计算余数中所有的三个二面角。在 Biopython的calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4)需要四个原子的向量坐标作为参数,并返回单个值的输出。我不确定输 ...2024-06-01 已阅读: n次
最大限度地降低焊枪的使用速度我做了很多模拟,为此我经常需要最小化复杂的用户定义函数,为此我通常使用numpy和{}。但是,问题是我需要显式地写下一个梯度函数,它有时很难/不可能找到。对于大维向量,scipy计算的数值导数非常昂贵 ...2024-06-01 已阅读: n次
选择在图形的“边”上绘制线,而不是在图形上绘制线(并循环)我有一个键的二面角图。y轴仅在0-360之间,x轴是帧(想想时间步)。如果值超过360,我需要绘图将其“循环”回零,并绘制两点之间的最短距离(如果需要越过图形边缘并“循环”回零,而不是穿过图形)。 ...2024-06-01 已阅读: n次
固定超过180度限制的二面角以创建平滑曲线我有一个商业程序的输出,其中包含了分子在时间上的二面角。这个问题显然来自于计算余弦时已知的象限问题,你的区间是-180到180,我不熟悉。如果二面体大于180,这个商业程序(SHARC,用于分子动力学 ...2024-06-01 已阅读: n次
在python中如何从二面角计算笛卡尔坐标在笛卡尔空间中有一个点的集合。我可以用python和numpy计算由四个点(a、b、c、d)组成的给定子系综定义的二面角。以下是我的职能: def getDihedral(a,b,c,d): v1 ...2024-06-01 已阅读: n次