分割一个fasta文件并基于第一个lin重命名我有一个包含以下内容的大文件: 文件名:input.txt >chr1 jdlfnhl dh,ndh dnh. dhjl >chr2 dhfl dhl dh;l >chr3 ...2024-05-14 已阅读: n次
列表列表的Python字母数字排序 我正在尝试对表单列表进行排序: [["Chr1", "949699", "949700"],["Chr11", "3219", "444949"], ["Chr10", "699", "800"], ...2024-05-14 已阅读: n次
用于操作excel sh的python脚本我试图编写一个python脚本来操作excel电子表格。 假设如果,我有样本数据: Gene chrom strand TSS TES Name ...2024-05-14 已阅读: n次
获取模式ae | ea | s3以替换python中字符串中的字符我想给出编码指令'ae | ea | s3',其中a替换为e,e替换为a,s替换为3。但我在编写程序时遇到了问题,无法插入模式chr替换为chr1 | chr2替换为chr3 | chr4替换为chr ...2024-05-14 已阅读: n次
双环带蒂姆我有一个脚本,花了很多时间,但不能完成2天后到目前为止。。。 我将1个文件解析为2个字典,如下所示: gfftree = {'chr1':[(gene_id, gstart, gend),...], ...2024-05-14 已阅读: n次
应用操作中的pandas groupby添加列给定这样的数据帧 chrom first_bp_intron last_bp_intron unique_junction_reads chr1 100 200 10 chr1 10 ...2024-05-14 已阅读: n次
具有不同长度的另一个数据帧的子集数据帧我有一个相互作用的染色体对的数据帧,用染色体(chr)和位置(pos)表示,如下所示: >>>import pandas as pd >>>df1 chr1 ...2024-05-14 已阅读: n次
如何跨行获取特定字符串的计数?我的数据框架如下: 我想将数据帧的新列中的D、T和N的计数作为Dcount TCount Ncount data = {'CHROM':['chr1', 'chr2', 'chr1', 'chr3', ...2024-05-14 已阅读: n次
如何将多个文件按多个列相交我在这方面花了很多时间,如有任何帮助,我将不胜感激。 我有两个文件如下;我想做的是在f2_col3中分别搜索f1_col1和f1_col2的每个项目-如果项目存在,则保存它并将其相关行从(f2_col ...2024-05-14 已阅读: n次
我可以使用pandas agg不迭代地执行此操作吗?有人能帮我改进这个代码吗 import pandas as pd df = pd.DataFrame( [ [ 'chr1', 222 ...2024-05-14 已阅读: n次
一种有效的划分大范围fi子集的方法我以前曾发布过一个问题,用R:subset recursively a data.frame来解决,但是这个文件太大了,我需要大量的时间和RAM内存来读取它。我想知道我是否可以在python中使用pa ...2024-05-14 已阅读: n次
将核苷酸位置与fasta-fi序列相匹配我有职位清单: chr1 1000 chr2 2000 chr3 4000 并希望能够转换这些位置在他们的核苷酸序列给出一个自定义的fasta文件。例如: ^{pr2}$ 有没有已经用python编 ...2024-05-14 已阅读: n次