我只想要一根木头我在用seaborn绘制一些生物学数据。 我只想要一个基因对另一个基因的分布(在大约300个病人中表达),这对graph = sns.jointplot(x='Gene1',y='Gene2',dat ...2024-04-29 已阅读: n次
迭代已定义对的namedtuple和dicts的慢度这段代码在示例数据上运行得很快,但是当迭代一个大文件时,它似乎运行得很慢,可能是因为嵌套了for循环。在defaultdict中迭代项的速度慢还有其他原因吗?在 import itertools s ...2024-04-29 已阅读: n次
使用Counter()查找计数相等的所有元素。最常见我正在使用Counter()。最常见的集合。我的输入(例如counter\u list)有许多相等的元素,但是如果我使用counter(mylist),大多数\u都是公共的(1),而不是得到所有的结果 ...2024-04-29 已阅读: n次
Python中的断断续续跳行鉴于这些数据 Probes FOO BAR Organ BM LV Genes Gene1 Gene2 1452463_x_at 306.564 185.705 143937 ...2024-04-29 已阅读: n次
向行添加值列表,然后将数据帧转换为长格式我有一个数据框,索引是基因组位置,值是p值: import pandas as pd from StringIO import StringIO from collections import def ...2024-04-29 已阅读: n次
如何使用pandas应用多个过滤器?如何使用pandas轻松应用100个值的多个过滤器? 有两列(列/列2)和500000行。 我的目标是:在sample.xlsx文件中找到一些值,如value-1、value-2等(应该包括所有这些值 ...2024-04-29 已阅读: n次
对列使用groupby后重复值的实例计数我正在处理的数据集如下所示: col1 person1 gene1 person1 gene1 person1 gene2 person1 gene3 person1 gene4 perso ...2024-04-29 已阅读: n次
在Python中,选择特定列只能形成一个数据帧使用python和pandas作为pd,我试图输出一个文件,该文件具有基于特定头的列子集。 下面是一个输入文件的示例 gene_input = pd.read_table(args.gene, sep ...2024-04-29 已阅读: n次
如果函数startswith()为真,如何获取值的索引?在函数“startswith()”为真的情况下,如何获取值的索引 例如:假设我有一个列表list = ['gene1' , 'gene2' , '0.3', '', '2.3','','0.4'] 如 ...2024-04-29 已阅读: n次
在Python中从长格式解析数据为宽格式我想知道在python中将长格式数据解析为wide for的最佳方法是什么。我以前在R中做过这类任务,但我的文件可以达到1GB以上,确实需要很长时间。以下是一些虚拟数据: Sequence Posit ...2024-04-29 已阅读: n次
生物变异或真正受影响的基因。我是一名生物系的学生,在实验室里我们正在老鼠身上测试某种药物。在正常状态下,我们有多组生物复制的基因表达数据: gene replicate 1 ...2024-04-29 已阅读: n次
如何从Python打印语句中使用"php echo"?我正在尝试将python矩阵转换为php(为解决这个问题奋斗了20多个小时)。我真的很感谢你的帮助!在 下面有两种情况:测试和真实。在 测试:将php变量传递给python。显式地将值赋给pytho ...2024-04-29 已阅读: n次