Python/Pandas传输datafram格式我有一个python/pandas数据框架有两列:(SHEET column is list) VNAME SHEET 0 atnpi [HSP, HHA, HO_, INP] 1 ...2024-06-01 已阅读: n次
Python编码错误:“文件不存在” 我在C:\Python27\Lib\site-packages\visual\examples中有一个名为hsp.txt的文本文件,并使用以下代码。在 def file(): file = ...2024-06-01 已阅读: n次
使用Biopython后解析BLAST结果的XML输出我有一个FASTA文件(test.FASTA),其中包含许多序列,我使用Biopython与BLASTN对齐 import Bio from Bio.Blast import NCBIWWW from ...2024-06-01 已阅读: n次
Python正则表达式Findall Lookahead我已经创建了一个函数,它可以搜索蛋白质字符串中的开放阅读框。这里是: def orf_finder(seq,format): record = SeqIO.read(seq,format) # ...2024-06-01 已阅读: n次
我如何使用gekkopython通过控制到容器的入口流量来控制cstr容器的液位?我试图使用PYTHON上的GEKKO来控制CSTR水箱的液位,同时控制入口流量q。我尝试了同样的问题,使用pid控制器,它的工作。但是,在壁虎上,高度并没有跟踪它的设定值。有一次我做了双重测试:当流速 ...2024-06-01 已阅读: n次
将for循环的输出保存到fi我打开了一个包含blast结果的文件,并以fasta格式将点击结果打印到屏幕上。 代码如下所示: result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blas ...2024-06-01 已阅读: n次
解析BLAST xml outpu时出现问题我在使用以下python脚本解析出一些xml BLAST输出时遇到问题: #!/usr/bin/env python import sys from Bio.Blast import NCBIXML ...2024-06-01 已阅读: n次
GroupByPython格式化输出我是Python新手,每天都能学到很多新东西 我在pandas中运行一组代码,如下所示,并注意到一些有趣的事情:- df = pd.DataFrame({'Hospital' : ['A', 'A', ...2024-06-01 已阅读: n次
如何从XML NCBI BLAST文件中提取第一个hit元素?我试图从NCBI xml BLAST文件中只提取第一个hit。接下来我只想得到第一个热休克蛋白。在最后阶段,我想得到这些最好的分数。 要在这里明确说明xml文件的示例,请执行以下操作: <?xm ...2024-06-01 已阅读: n次
解析.xml Blast输出与我正在尝试使用re解析XML格式的BLAST输出,以前从未这样做过,下面是我的代码。在 然而,由于有些点击有时不止一次出现Hsp_num,我得到的query_from和query_to的结果更多,而{ ...2024-06-01 已阅读: n次
Biopython跑不了了所以我一直在试着和Biopython合作,我还是个新手。我的代码: fasta_string = open("C:\\Users\\saeed\\Desktop\\dna2.fasta").read( ...2024-06-01 已阅读: n次
Biopython Blast AttributeError:“Analyze”对象没有属性“dbtype”我尝试使用BLAST for python分析序列,这是我收到的原始代码。有一次我被告知这段代码是有效的,但由于库的更新,它已经崩溃了。你知道吗 我试着寻找类似的代码,看看这是否是修改的东西,但没有这 ...2024-06-01 已阅读: n次
blastbesties#blast besties从blast输出文件中快速发现对等的最佳blast对。e值为<;0.001.`` bashblastp-qcov-qcov-qcov-hsp-hup-perc-per ...2024-06-01 已阅读: n次