方向邻接表的快速实现import distance from collections import defaultdict my_list = ['ACAA', 'TCAA','TCAT','TGAT','TCGA', ...2024-04-29 已阅读: n次
在Python中处理大文件时出现MemoryError因此,我尝试将几百个120MB-2GB大小的.svs文件(放大40倍的高分辨率显微镜照片)转换为jpeg图像块,并且在脚本将大量数据分配到RAM的步骤中,我不断获得MemoryError。我只是需要更 ...2024-04-29 已阅读: n次
python中如何将链表转换为矩阵我的输入数据看起来像(输入文件)地址: AGAP2 TCGA-BL-A0C8-01A-11R-A10U-07 66.7328 AGAP2 TCGA-BL-A13I-01A-1 ...2024-04-29 已阅读: n次
Pandas阅读多索引fi的特定列我有一个数据文件(两个标题行,索引列,制表符分隔)如下: Hybridization REF TCGA-2V-A95S-01A-11R-A37G-13 TCGA-2V-A95S-01A-11 ...2024-04-29 已阅读: n次
如何在一个数据帧中操作索引并在另一个数据帧中筛选索引我开始学习熊猫,并坚持以下问题: 我有两个大数据帧: df1= ID KRAS ATM TCGA-3C-AAAU-01A- ...2024-04-29 已阅读: n次
在两个不同长度的数据帧列表上迭代,并将它们作为数据帧连接在一个循环中以执行一个函数比如,我有两个数据帧列表。数据帧列表的大小为 len(list_df1) 20 list_df1 [ Gene_id TCGA-A1-A0SM-01A-11R-A08 ...2024-04-29 已阅读: n次
函数未正确写入.xls。Python 2.7.1版当我检查Excel文件时,它只写最后一行数据。你知道吗 def Table(fn,fe): for fseq in fn: count=0 ...2024-04-29 已阅读: n次
Python:TransportableException:TransportableException我用的是网上的一个叫皮卡的包。我正在运行本教程:https://github.com/gallantlab/pyrcca/blob/master/Pyrcca_usage_example.ipynb但 ...2024-04-29 已阅读: n次
我有一个json文件。基于case\u id值,如何访问相应的项目id值?[ { "data_type": "Masked Somatic Mutation", "file_name": "TCGA.GBM.mutect.195dab4b-31ae-4e ...2024-04-29 已阅读: n次
如何使用dask直接从s3存储桶加载和处理许多(>20k).tsv文件?我曾试图访问位于AWS s3的癌症基因组图谱(TCGA)中的数据 此代码使用dask加载TCGA中的所有.tsv文件 from dask.distributed import Client impor ...2024-04-29 已阅读: n次
如何提取子文件夹路径?我有大约100个文件夹和每个文件夹中的文件,应该阅读和分析。你知道吗 我可以从它们的子文件夹中读取文件,但我想从第10个文件夹开始处理,直到最后。我需要确切的文件夹路径。你知道吗 我该怎么做?你知道吗 ...2024-04-29 已阅读: n次
发电机未按预期关闭数据对不起,如果标题写得不好,我不知道该怎么说。我有一个函数,基本上是在二维iterable的第二维上迭代。下面是一个简单的复制品: words = ['ACGT', 'TCGA'] def make_ ...2024-04-29 已阅读: n次
TCGA_Metadata_xml.format_parse 安装另一个名为beautifulsoup的模块;该模块帮助您从tcga中提取样本数据 此包Python名称:TCGA_Metadata_xml.format_par ...2024-04-29 已阅读: n次
pytcga Pytcga 用于访问和处理公共tcga数据的python库 示例 加载临床数据 import pytcga # Downloading and loading LUAD patient d ...2024-04-29 已阅读: n次
TCGA_Metadata_xml.format_parse_python2.x在使用此模块之前,请先安装“beautifulsoup”模块 在您的终端上,输入此目录,然后简单地键入: python setup.py安装 ...2024-04-29 已阅读: n次