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关于mers 相关联的Python项目和问题：

我目前正在尝试创建一个直方图，用以显示我创建的字典中的值。我已经在这里搜索了类似的questions，但是我仍然对这个块感到困惑。抱歉，如果这是一个重复的问题。你知道吗词典olf\u kmer\u ...

2024-06-16 已阅读: n次

我正在尝试实现以下代码： with open('datapath') as f: k_mers = f.read() k_mers_parsed = [] for i in k_mers.s ...

2024-06-16 已阅读: n次

我需要创建一个函数，它迭代消息中3个字母（3-mers）的所有序列。例如，如果message=“THE CAT”，则应返回“THE”，“HE”，“E C”，“CA”，“CAT”。在我尝试过下面的代码 ...

2024-06-16 已阅读: n次

我有一个代表人类基因组的字符串，它是一个四元代码（alphabet = {A, C, T, G}）： str = 'ACTGGTGCGAGACTGCGGGAACACTGAGCGGGCGAGACT' ...

2024-06-16 已阅读: n次

我觉得我的代码效率太低了。我猜这和使用字符串有关，不过我不确定。代码如下： genome = FASTAdata[1] genomeLength = len(genome); # Hash tabl ...

2024-06-16 已阅读: n次

我有一串小写字母。我需要找出每个k-mer问的问题出现了多少次。关键是我需要按问题所要求的k-mers顺序输出计数。另一个问题是，我可能需要多次输出同一k-mer的计数。我需要在O（kN+kQ）中完成 ...

2024-06-16 已阅读: n次

我想用Python中的位编码来编码核苷酸“A”、“G”、“C”和“T”。例如： 'A' = 00 'G' = 01 'C' = 10 'T' = 11 为了建立一个包含k-mers的巨大dict，比 ...

2024-06-16 已阅读: n次

我在关注这个documentation import epipy import pandas as pd # mers_df is a pandas data frame that contains ...

2024-06-16 已阅读: n次

我是一名研究员（我的编程知识很小），负责分析一组抗生素（甲氧西林）耐药和一组抗生素（甲氧西林）敏感。假设这两组之间的唯一区别是电阻（R）与敏感度（S）。你知道吗我想找出抗性或易感基因组中的一个遗传因 ...

2024-06-16 已阅读: n次

我正在执行一个成员资格搜索，其中一个小列表（核苷酸读取字符串列表）的每个成员都会在一个非常大的关联k-mers trie中进行成员资格测试每次读取的核苷酸被搜索大约200次（每次读取的k-mers数 ...

2024-06-16 已阅读: n次

我正在写一个程序，给定一个输入k=some number和DNA=DNA片段列表，输出应该给出一个大小为k的k-mer，它在字符串数组中具有最小的汉明距离。我有三个功能，1。计算k-mer和片段dna ...

2024-06-16 已阅读: n次

我有以下数据： [(Timestamp('2020-12-13 01:00:00'), 'Mers'), (Timestamp('2020-12-13 02:00:00'), 'BMW')] ...

2024-06-16 已阅读: n次

Koremutake是一种128位的mers编码算法，可以转换任何大的，将无符号的数字转换成语音上唯一的音节序列。有关详细信息，请参见http://shorl.com/koremutake.php ...

2024-06-16 已阅读: n次

从原始测序数据中提取可信k-mers 此包Python名称：syrah 目前版本： syrah 0.1 最后维护时间：Dec 27, ...

2024-06-16 已阅读: n次

识别表型特异性k-mers，建立表型预测模型，并使用该模型预测测序菌株的表型此包Python名称：PhenotypeSeeker 目前版本： Ph ...

2024-06-16 已阅读: n次