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Python pybedtools
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最新问答
我有一个pandas数据帧,如下所示:
chrom start end probability read
0 chr1 1 10 0.99 read1
...
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我最近在我的Conda环境中安装了pybedtools,使用了他们提到的命令-
conda install -c bioconda pybedtools
但是当我在这个环境中激活spyder并试图运行 ...
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我试图在Python3.4上安装pysam和pybedtools模块。但我有个错误:
Collecting pysam
Using cached pysam-0.9.0.tar.gz
Co ...
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我有一个python包,需要一个额外的选项才能安装。我发现这可以通过使用pip的--global-option选项来实现:
pip install --global-option="cythonize ...
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我正在尝试在Spyder中导入Pybedtools。在
from pybedtools import BedTool
这是我得到的错误:
^{pr2}$
我刚下载了水蟒,似乎没有什么原因可以解释为什 ...
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我正试图从anaconda的Bioconda频道安装一些软件包,但即使添加了该频道,我还是遇到以下错误:
C:\Users\matti>conda install -c bioconda pyb ...
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我正在尝试打包一个具有安装时(以及运行时)依赖项的python库:它import包含模块,以便模块可以通知安装过程一些提供的C头的位置:
from distutils.extension import ...
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最初的问题
我正在用python(3.5)编写一个生物信息学脚本,它解析一个大的(经过排序和索引的)bam文件,表示与基因组对齐的序列读取,将基因组信息(“注释”)与这些读取相关联,并计算遇到的注释类 ...
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最新项目
概述
BEDTools suite of programs是广泛的
用于基因组区间操作或“基因组代数”。pybedtools包装
扩展了bedtools并从内部提供功能级操作
Python。
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目标基因交叉
一个使用pybedtoolsintersect为熊猫数据框中的基因组数据获取目标基因名的婴儿包我第一次尝试包装,以及一个有用的小工具,我结束了复制和粘贴所有的时间。
自由软件 ...
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用于多处理器缩放的pybedtools包装器
此包Python名称:bedpymp
目前版本: bedpymp 0.1
最后维护时间 ...
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