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Python samtools
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关于samtools 相关联的Python项目和问题：
最新问答
最近我使用python使用了不同的输入方法。你知道吗
f=open('txt','r')
for line in f:.....
f=open ('txt','r').readlines()
f ...
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我尝试在unix风格的管道中使用python。
例如，在unix中，我可以使用管道，例如：
$ samtools view -h somefile.bam | python modifyStdout. ...
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我正在使用subprocesss.run（）在python中运行samtools命令。代码如下：
result = subprocess.run(['samtools', 'faidx', 'hg38 ...
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我希望遍历一个列表（示例名称），并使用ipython（“！”）的系统shell命令对每个示例重复相同的命令。我以前做过这个没有问题，但是在这个特定的代码下继续得到一个SyntaxError。如果你知道 ...
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我正在尝试制作一个简单的脚本来逐个（一个接一个）运行不同的任务，但我不知道如何用python脚本运行程序！我知道应该很简单！但我在哪儿都找不到。我的例子是：
samtools merge filena ...
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所以到目前为止我有这个代码：
from subprocess import call
a, b = 10000000, 10000100
call('samtools faidx file.fa ch ...
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我正在创建一个python管道来处理非常大的二进制文件（即50+GB）。它们是BAM文件，一种用于表示基因组的格式。我的脚本目前被两个非常昂贵的子进程调用所限制
这两个命令占用了管道每次运行80%的计 ...
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所以标题很好的解释了我的问题。stdout和stdout有什么区别=子流程.管道和stdout=管道？两者都来自子流程模块，但为什么要使用其中一个模块而不是另一个模块？如何使用stdout=管道？一、 ...
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首先，我想说，任何帮助都是非常感谢的。一般来说，我对Python和脚本还不熟悉。我尝试使用一个名为samtools view的程序将文件从.sam转换为.bam我需要能够执行以下BASH命令在Pyth ...
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我正在尝试用python开发一个GUI，用于分析可以在Linux和Windows中运行的tRNA Seq数据。为此，需要运行一些程序，如：bowtie2、samtools或bedtools，anaco ...
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我有一个简单的python脚本来重命名我的数据：wchich为一个文件工作：
for line in Coord:
coord = line.split()[0]
miRname = ...
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我是Python新手，我正在尝试安装pypgen。在
正如在网页上解释的那样，我首先安装了“samtools”（按照建议通过brew install samtools）。在
正在尝试安装pypgen
...
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最新项目
调用samtools工具并在sqlitedb中存储时间/内存度量
此包Python名称：samtools_tool
目前版本： samtools_t ...
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独特的sam
unique sam是一个简单的命令行工具，用于删除重复的
SAM文件中的对齐。
如果对齐的mapq字段可用，unique sam将保持
只有一个和最高得分一致。否则，
unique ...
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tssenrich
为atac seq数据计算TSS enrichment。（另请参见ENCODE standards）
安装
pip3 install tssenrich
或
pip3 insta ...
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说明
samtools提供了一个函数"faidx"（fasta index），它创建一个
小型平面索引文件".fai"，允许快速随机访问任何
在索引的fasta文件中执行子序列， ...
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dinopy-python的dna输入和输出
Dinopy的目标是使包含生物序列的文件更容易
并且对于python程序员来说是有效的，允许他们
关注他们的应用程序而不是文件IO。
#!pytho ...
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开始
此项目可以通过pip install mitopipeline下载以安装最新版本的mitoppipeline。或者，可以通过git clone https://github.com/timmy ...
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要求
安装python 2.6.x或python 2.7.x
安装samtools。
setup.py
将自动安装运行此程序所需的mat ...
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如果有任何问题，请随时与我联系。
简短说明
smbl是一些有用的规则和python函数库，可用于snakemake（https://bitbucket.org/johanneskoester/s ...
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用于测试i
不管怎么做，我只想在测试中使用它！
Less blurb, more documentation - link to
ReadTheDocs。
主要功能
运行服务（例如mongo、co ...
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基于fastqc、picard和samtools度量验证dnaseq工作流
此包Python名称：dnaseq_validation
目前版本： d ...
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请提前从Bioconda（水蟒）安装Samtools和Minimap2
此包Python名称：aqtest1
目前版本： aqtest1 0.7.2 ...
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在sqlite中存储samtools度量
此包Python名称：samtools_metrics_sqlite
目前版本： samtools_met ...
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