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关于fdr 相关联的Python项目和问题：

基于精确零分布的p值

我有两个阵列。一种是实际观测值的数组->簇大小。另一种是通过蒙特卡罗模拟计算出簇的大小，从而得到精确的零分布。我想将中的实际观测值转换为p值，以便稍后计算FDR校正的p值。我可以逐项做，但应该有更好的 ...

2024-04-26 已阅读: n次

有人知道在BH过程下调整FDR置信区间的好程序吗？

我估计了一个塔吉马数据集的置信区间（CI），使用bootstrapping导出一个空分布。我想使用BY过程调整这些CI以考虑错误发现率（FDR），因为这允许数据点是非独立的。我已经可以对与R包p.ad ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何在Python中实现R的p.adjust

我有一个p值列表，我想为FDR的多次比较计算调整p值。在R中，我可以使用： pval <- read.csv("my_file.txt",header=F,sep="\t") pval < ...

2024-04-26 已阅读: n次

安装Keras L1型号

我有一个简单的keras模型（正常的套索线性模型），输入被移动到一个单一的‘神经元’Dense(1, kernel_regularizer=l1(fdr))(input_layer)，但是这个模型的权 ...

2024-04-26 已阅读: n次

用Python计算调整后的p值

所以，我花了一些时间来寻找一种在Python中获得调整后的p值（也称为校正p值、q值、FDR）的方法，但是我没有真正找到任何东西。这里有R函数p.adjust，但是如果可能的话，我想坚持使用Pytho ...

2024-04-26 已阅读: n次

计算LineString对象中的长度时出现python错误

目前正在处理两个错误，而编程代码如下所示，我想知道是否有人可以帮助我或给一些提示来解决它们，谢谢 1）尝试将多个LineString对象分配给MultiLineString对象时，我遇到了困难。其思想 ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何使用循环从JSON中提取多个数据以创建CSV

如何使用for从JSON中提取name和value，并在CSV中输入所有数据？你知道吗我从代码中得到的是CSV中的名称和值列表。比如：代码： if valueselector = ...

2024-04-26 已阅读: n次

在R或Python中随机化矩阵的最有效方法

我正在使用R中的一个数值矩阵m，它相当大（每20列11000行）。在这个矩阵上，我做了很多相关测试 =>；函数cor.test(M[i,], M[j,], method='spearman')， ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何在matplotlib中保存外观图像？

我已经尝试了很多方法。但还是一样。我想保存一个清晰的图像。这是我的代码： #!/usr/bin/env python import matplotlib.pyplot as plt from coll ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何在seaborn散点图图例中添加颜色条

我有下一个散点图但我想通过continuos颜色贴图更改图例上的点，如下所示：这是我的代码： import pandas as pd import matplotlib.pyplot as p ...

2024-04-26 已阅读: n次

通过rpy2组合R和python：如何将python列表读入R

我发现了类似的问题here和here，但我似乎无法确定如何为自己的数据做。我在python中有一组浮点数列表（实际上，每个列表都有1000个浮点数）；例如 [0.01,0.02,0.03,0.04, ...

2024-04-26 已阅读: n次

使用numpy/h5py进行记忆效率BenjaminiHochberg FDR校正

我试图用Benjamini&Hochberg;方法计算一组FDR校正的p值。但是，我要运行的向量包含超过100亿个值。在考虑到数据量，正常的method from statsmodel'smulti ...

2024-04-26 已阅读: n次

hicpeaks

隆起 hicpeaks 为bh-fdr和hiccups提供了基于python cpu的实现，这是两种峰值调用算法对于由rao等人提出的hi-c数据， ...

2024-04-26 已阅读: n次

fdr

验证功能和设计需求文档。自由软件：麻省理工学院许可证文档：https://fdr.readthedocs.io。快速启动 j&j;快速入门 install python 导航至 ...

2024-04-26 已阅读: n次

enrichmentanalysis-dvklopfenstein

富集分析如果您提供以下内容，请对其进行充实分析：人口的ID 研究集的ID ID与相关条款之间的关联 Example data 此回购代码执行的浓缩分析步骤使用fishers精确测试生成p值 ...

2024-04-26 已阅读: n次

righteous-fa

正义途径因子分析使用因素分析。表达调控可以通过与日记中的观察值相关的方差分析文件。最后的p值然后被修正fdr并得到产生q值。必须对日志和分析项表达式文件进行排序对于那些在柱子上。通过 ...

2024-04-26 已阅读: n次

goatools

说明此包包含一个python库，用于处理某个go的over-and-under表示术语，基于fisher精确测试。有许多多个 ...

2024-04-26 已阅读: n次

feature-selection-fdr

>>> import numpy as np >>> from fs_fdr import barber_candes_selection, knockoff_fe ...

2024-04-26 已阅读: n次