在python中用html标记序列中的突变位置我想知道在python或biopython中是否有允许在html中标记序列的方法。在 我想在一个序列上标记位置(即色基不同),根据该位置是否是已知的snp/indel等 在一个数组中有一个突变位置的列 ...2024-05-14 已阅读: n次
传递一个列表并将其长度设置为python中的默认参数我有一个来自Python的类方法,如下所示: def func(indel, nind=indel.length): #do_something 索引是一个列表。在 使用此函数定义时出错。我 ...2024-05-14 已阅读: n次
行内条件语句:Pandas为新列分配值我正在尝试使用assign有条件地为列赋值。你知道吗 我尝试使用pandas assign创建一个新列,并在列SV\u length指定的长度值为>;=50时将其标记为SV,在长度为<;5 ...2024-05-14 已阅读: n次
python dict计时之谜我正在做序列比对,遇到了一个与dict数据结构的起源有关的相当神秘的时间问题。 基本上,我有函数alignment(s1, s2, scores) 它包含两个字符串s1和s2,以及一个评分矩阵(如py ...2024-05-14 已阅读: n次
如何用变量值填充pandas数据帧中的NaN值?我有一个数据帧: Isolate1 Isolate2 Isolate3 Isolate4 2 NaN NaN AGTCTA AGT 5 NaN GC ...2024-05-14 已阅读: n次
如何将破折号附加到现有字符串?对于家庭作业问题,我的一个函数要求在某个索引处添加破折号。例如,对于像“ABC”这样的序列,在一个新字符串的索引2处(根据Python规则),该字符串理想情况下会输出“AB-C”。因此,一个新字符串的 ...2024-05-14 已阅读: n次
如何使用Biopython将CSV文件中的snp/indels添加到FASTA文件中?我想修改FASTA文件的序列。我的FASTA包含人类基因组(每个染色体的序列),id是>1,>2,。。。>22、>X、>Y、>MT和{}。在 我想在每个染色体序列中 ...2024-05-14 已阅读: n次
在Python 2.7.x中,通过类的__del__方法来关闭sqlite3连接是否可疑?我有一个类,它在SQLite数据库的UuInit_Uu方法中打开一个SQLite数据库,我想稍后通过在创建的对象上使用build-indel函数来关闭它。在 我的析构函数是这样的: def __del ...2024-05-14 已阅读: n次
python多输入多输出我用python编写了一个脚本,它可以处理单个文件。我找不到一个答案,使它在多个文件上运行,并分别为每个文件提供输出。在 out = open('/home/directory/a.out','w') ...2024-05-14 已阅读: n次
sorting-hat 将索引排序到定义如下的类: 均聚物运行(hr):突变发生在6个或更多的区域 插入或删除的核苷酸的拷贝 拷贝数变化(ccc):插入或删除的等位基因有1个或 突变区重复次数较多 拷贝数无变化(非ccc ...2024-05-14 已阅读: n次
CIpipecrispr是近年来流行的、功能强大的基因编辑工具。在crispr的应用下,研究人员可以方便地通过诱导特定位点的indel(插入/删除)来改变dna结构。为了检验crispr实验的效率,需要对目标区域 ...2024-05-14 已阅读: n次
smashbenchmarking用于变量调用的基准测试工具包。有关smash工具包的完整描述,包括我们的数据集、结果和在ec2上运行smash的说明,请访问我们的网站smash.cs.berkeley.edu。 如果您有任何问题,请 ...2024-05-14 已阅读: n次