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关于snps 相关联的Python项目和问题：

用Python中的DictReader解析CSV

我有一个包含许多列的大型CSV文件，如下所示： id, col1, col2, col3, col4, col5 1, a, b, 2, d, e 2, b, c, 4, e, f 3, c, d, ...

2024-05-16 已阅读: n次

难以从scipy导入模块

我在使用scipy提供的Manwhitneyu测试时遇到了一些问题。我想我的问题是进口。这是我的剧本： SNPs=[] Nonsense=[] with open("final_positions_ ...

2024-05-16 已阅读: n次

计算一个巨大的稀疏对角相关矩阵最有效的方法是什么？

我需要计算一个巨大的相关矩阵，比如说20000x200000，它太大了，无法存储在内存中。幸运的是，大多数值都是0，除了接近矩阵对角线的值，我需要计算。因此，我很好奇scipy/numpy中的稀疏矩阵 ...

2024-05-16 已阅读: n次

用于生成Bash脚本的Python脚本中的KeyError

我有一个Python脚本重命名.py我想用它来生成许多Bash脚本（超过500个）。Python脚本如下所示： #!/usr/bin/python #Script to make multiple ...

2024-05-16 已阅读: n次

传递给的命令的shell中出现语法错误操作系统

我在Python程序中出现了一些奇怪的行为。在 perf_join_cmd = "join <(sort -k1,1 {}) <(sort -k1,1 {}) > {}.ScoreP ...

2024-05-16 已阅读: n次

Django:奇怪的反向匹配

在我的应用程序中，我有一个生成表单的视图。当此表单有效时，视图重定向到另一个视图，该视图是另一个表单，但我有一条错误消息，与反向匹配 My views.py： def uploadData(reque ...

2024-05-16 已阅读: n次

Pandas DataFram中行和列的元数据

我有一个很大的遗传数据矩阵，每个人的单核苷酸多态性，值在0，1，2。个人和snp都有一些相关的元数据。例如 individuals might have sex, ancestry, age, ...

2024-05-16 已阅读: n次

Python indexer错误：在中查找snp时列表索引超出范围

嗨，我应该使用Python脚本从vcf文件中的csv文件中识别指定位置的可能snp。我刚开始使用python，遗憾的是我总是会遇到以下错误： Traceback (most recent call ...

2024-05-16 已阅读: n次

无法将数据帧系列转换为整数？

全部。我有一个熊猫数据帧，它的结构如下：Pandas DataFrame 我想隔离行的子集，特别是那些属于某个坐标范围的行，我已经将其存储在列表中。这就是我目前正在处理的问题： #create ...

2024-05-16 已阅读: n次

为什么下面的循环不能按预期工作？详情如下：

代码如下： for x in range(1,15): flag = 0 for b in range (1,15): if tagname1[x]== tagname2[ ...

2024-05-16 已阅读: n次

SQLAlchemy唯一关系

我创建了几个SQLAlchemy表，如下所示： association_table = Table( 'association', Base.metadata, Column('snp ...

2024-05-16 已阅读: n次

Python：测试int列表中的int是否适合2int元组列表中的两个int

背景：小鼠遗传学，我想计算两个实验室菌株之间的突变，这取决于它们是否在外显子边界内。你知道吗到目前为止，我生成了两个列表： SNPs = [432, 534, 677, 788, 999]etc~2 ...

2024-05-16 已阅读: n次

snps

单核苷酸多态性用于读取、写入、合并和重新映射snp的工具能力从各种直接对消费者（dtc）dna检测源中读取原始数据（基因型）文件读取和写入构建36、37和38的vcf文件（例如，将2 ...

2024-05-16 已阅读: n次

pyQuASAR

类星体管道包裹类星体安装首先，请确保遵循了 pydbsnp。然后安装pyQuASAR 使用pip3： pip3 install pyQuASAR 或 pip3 install --user p ...

2024-05-16 已阅读: n次

simulatesv

SimulateSV是一个生成人工的包基因组和一些变种。SimulateSV用于生成验证评估各种检测工具时，设置并快速测试工具。 ...

2024-05-16 已阅读: n次

SNPs_Analysis

检测 ascii、utf-8、utf-16（2种变体）、utf-32（4种变体） big5、gb2312、euc-tw、hz-gb-2312、iso-2022-cn（繁体和简体中文） EUC-JP ...

2024-05-16 已阅读: n次

pybedtools

概述 BEDTools suite of programs是广泛的用于基因组区间操作或“基因组代数”。pybedtools包装扩展了bedtools并从内部提供功能级操作 Python。 ...

2024-05-16 已阅读: n次

snpToolkit

从VCF文件进行SNPS注释、筛选和组合 ...

2024-05-16 已阅读: n次

pyGeno

简短描述： pygeno由Tariq Daouda在免疫学和癌症研究所开发。使用pygeno，您可以做到： from pyGeno.Genome import * #load a genome ...

2024-05-16 已阅读: n次