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Python seqrecord
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关于seqrecord 相关联的Python项目和问题:
最新问答
所以基本上我有一个序列列表,我从SeqIO中解析出来。我试着按他们的名字过滤他们。因此,如果序列列表中有重复的序列,则只会使用第一个序列。我遇到了以下错误:
“故意不执行SeqRecord比较。显式比 ...
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我正在写一个程序,它被设计为匹配两个序列。我已经有了两个包含SeqRecord对象的列表,后缀F和R是分开的。现在,我想从列表F中选择一个序列,并从列表R中找到最相似的序列。我想根据seq_recor ...
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# File Name RandonProteinSequences.py
# standard library
import os
import random
# biopython
from B ...
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Hii我在Biopython中得到以下错误:“return”外部函数(文件名。。第26行)
下面是myfile的代码
请帮忙
# File Name RandonProteinSequences.p ...
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尝试使用BioPython中的Seq和SeqIO对象读取包含基因组序列的文件。无法使用open命令。程序应该接受一个命令行参数,该参数包含包含输入基因组的FASTA文件的名称。你知道吗
它制作了文件, ...
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我正试图在文件中正确定位反向序列。代码如下:
import os
import sys import pysam
from Bio import SeqIO, Seq, SeqRecord
def ...
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我有一份关于核苷酸序列的FASTA文件。我需要把它们翻译成蛋白质,但要考虑到3个阅读框(即+1'ATG',+2'TG',+3'G')。如果阅读框是+1,这个使用BioPython的简单代码可以完美地完 ...
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我试图声明一个PDB解析器对象,但是该对象没有被创建。我展示的方法,这是一个问题
我下载了BIOpython和scikit。导致问题的行是p=PDB.PDBParser()
from Bio.Seq ...
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我需要将一个记录从一个子数据库完全克隆到另一个子数据库。我似乎无法将查找直接插入到load中,虽然我可以写入文件并再次读取它,但这似乎是一个相当不雅观的解决方案。你知道吗
一个侧面但中心的问题是:有没 ...
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你好。我正在编写一个函数来查找对齐的相同列,然后将这些列存储在字典中,这样键应该是列(作为字符串),而值是一个包含列索引的列表。我有点困难。我当前的代码只能进行一个对齐:
from Bio.Align ...
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from Bio import SeqIO
import re, os
import pandas as pd
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet im ...
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我正在写一个程序,它从UniProt获取一个大的XML文件,里面装满了蛋白质序列,并对它们进行分析。我已经有一个工作版本,但这是一个较小的文件。我现在需要有效地加载完整的UniProt数据库,并且不确 ...
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最新项目
pygenome
通过蟒蛇利用酵母基因的强大力量!pygenome提供了访问Saccharomyces cerevisiae
巨蟒的基因组。Genes,
promoters,
termi ...
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snapgene reader是一个python库,用于将snapgene*.dna文件解析为dictionnaries或biopython seqrecords:
from snapgene_re ...
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tests
package
另一个seqrecord类具有方法:退化seqs,密码子位置基于
读取帧等
用法
默认情况下,它假定dna序列具有不明确的字符。 ...
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