AssertionError:无法使用命令生成表面文件

Question

我明白了msms.exe已停止使用此简单脚本，请帮助我调试它。我用不同的pdb试过，结果一样。你可能想看看ResidueDepth.py。你知道吗

AssertionError:无法使用以下命令生成表面文件： msms-探测半径1.5-如果C:\Users\Ahmad\AppData\Local\Temp\tmp2pa74le2-共C:\Users\Ahmad\AppData\Local\Temp\tmpf7zqwkg6>；C:\Users\Ahmad\AppData\Local\Temp\tmpncvn65g4

from Bio.PDB import PDBParser, ResidueDepth

p = PDBParser()
s = p.get_structure("X", '1crn.pdb')
model = s[0]

rd = ResidueDepth(model, '1crn.pdb')
print(rd[(chain_id, res_id)])

Answer 1

ResidueDepth代码依赖于pdb\ to\ xyzr，这是一个不能在windows上运行的BASH脚本。已创建有关此问题here的问题。你知道吗