安装Biopython:importorror:没有名为Bi的模块

Question

尝试在Fedora21、Python2.7上安装Biopython。我已经做了以下工作

[mike@localhost Downloads](17:32)$ sudo pip2.7 install biopython
You are using pip version 6.1.1, however version 7.1.0 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
Collecting biopython
/usr/lib/python2.7/site-packages/pip/_vendor/requests/packages/urllib3/util/ssl_.py:79: InsecurePlatformWarning: A true SSLContext object is not available. This prevents urllib3 from configuring SSL appropriately and may cause certain SSL connections to fail. For more information, see https://urllib3.readthedocs.org/en/latest/security.html#insecureplatformwarning.
  InsecurePlatformWarning
  Downloading biopython-1.65.tar.gz (12.6MB)
    100% |████████████████████████████████| 12.6MB 33kB/s 
Installing collected packages: biopython
  Running setup.py install for biopython
Successfully installed biopython-1.65

然后

[mike@localhost Downloads](17:32)$ ipython
Python 2.7.9 |Anaconda 2.2.0 (64-bit)| (default, Mar  9 2015, 16:20:48) 

In [1]: import Bio
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-a7440e1156be> in <module>()
----> 1 import Bio

ImportError: No module named Bio

我做错什么了？

编辑

我试着用

sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

并将其安装到/usr/lib/python2.7/site packages/biopython-1.65-py2.7-linux-x86_64.egg/中。不起作用。

然后我尝试使用相同的命令安装它，没有sudo：

easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

把它安装到/home/mike/anaconda/lib/python2.7/site-packages/biopython-1.65-py2.7-linux-x86_64.egg

而且成功了！同时适用于ipython和python。但是为什么它能工作。。。？

Answer 1

使用sudo pip不是一个好习惯，因为它可能在根权限下安装东西，而根权限通常不授予普通程序。

问题可能出在库路径上。最有用的工具是

import sys
print (sys.path)

以及

which python
pip --version

使用pip install biopython --user替换sudo pip

Answer 2

在使用pip和类似的东西时，应该非常小心，因为它是与假定的Python解释器一起使用的thepip。

我看到您正试图从通过键入ipython获得的Python解释器导入Bio。您可以确保像这样调用这个解释器的pip：

sudo ipython -m pip install biopython

请注意，该安装不是ipython独有的。它是但是对于安装在上面的任何Python安装ipython都是独占的。