如何在文本中的特定行后添加单词？

Question

我试图在我的文件中的某一行之后添加一个单词。我正在使用infile和一个引用，并试图创建outfile。infile和reference是相同的类型，但reference在特定位置包含TER单词。我想把terword添加到outfile中（基本上创建一个infle的副本并从引用中添加terword）。 我试图按一个数字（代码中的resnum）搜索，但会有一个问题，因为许多连续的行都有相同的数字。 有人能帮忙吗？你知道吗

from sys import argv
import argparse

script,infile,outfile, reference = argv
Ter = []
res = []


def get_Ter(reference):
    reference_1 = open(reference,"r")
    for line in reference_1:
        contents = line.split(" ")
        if contents[0] == "TER":
        resnum = line[22:27]
        resname = line[17:20]
        chain = line[21]
        Ter.append(resnum)

        def find_TER(infile,outfile):
            with open(infile, "r") as infile_1:
                content = infile_1.readlines()
            with open(outfile, "w+") as outfile_1:
                outfile_1.write(content)
                if line[0:6] == "ATOM  ":
                    resnum_1 = line[22:27]
                    res.append(resnum_1)
                    if resnum_1 in res == resnum in Ter:
                        outfile_1.write(line + "\nTER")

        find_TER(infile,outfile)
get_Ter(reference)

文件的示例（这是引用，infile是相同的，但缺少TER）。它们都很好地排列在一起（这里的格式）：
原子992 SG CYX D 452 23.296 45.745 28.572 1.00 0.00
原子993 C CYX D 452 20.742 42.431 27.841 1.00 0.00
原子994 O CYX D 452 20.689 41.447 28.565 1.00 0.00
原子995 OXT CYX D 452 19.788 42.822 27.185 1.00 0.00
TER 995 CYS D 452
原子996 N ARG D 492 27.510 26.357 34.041 1.00 0.00
原子997 H1 ARG D 492 26.590 26.591 33.694 1.00 0.00
原子998 H2 ARG D 492 28.138 27.135 34.182 1.00 0.00
原子999 H3 ARG D 492 27.422 26.030 34.993 1.00 0.00
原子1000 CA ARG D 492 28.179 25.410 33.192 1.00 0.00

现在我有了这个：

from sys import argv
import argparse

   script,infile,outfile, reference = argv
   Ter = []
   res = []

def get_Ter(reference):
    reference_1 = open(reference,"r")
    for line in reference_1:
        contents = line.split(" ")
    if contents[0] == "TER":
        ternum = line[22:27]

        def find_TER(infile,outfile):
            with open(infile, "r") as infile_1:
                content = infile_1.readlines()
            with open(outfile, "w+") as outfile_1:
                for line in content:
                    outfile_1.write(line)
                    line = line.split(" ")
                    if line[0] == "ATOM":
                        resnum = line[22:27]
                        if ternum == resnum:




                            find_TER(infile,outfile)
get_Ter(reference)

Answer 1

基本逻辑有两个方面：

1. 确定何时需要TER行并生成它。（你已经做到了。）
2. 检测何时将该行写入输出。你知道吗

对于第二部分，您真正需要做的就是识别resnum452（或任何数字）有一个挂起的TER输出。您可以使用一个简单的变量来实现这一点：将它保持在-1，直到您有一个有效的resnum。你知道吗

当你读的时候，你不断地检查resnum。如果它是正数并且与最近的输入行不同，那么您必须在执行其他操作之前打印TER行。像这样：

contents = line.split():
resnum = line[22:27]
if ternum > 0 and ternum != int(resnum):
    # write out the TER line
    ternum = -1

# continue with rest of the program.
if contents[0] == "TER":
    ...

您可能还需要在文件末尾进行检查，以防最后一个resnum有一行要打印出来。你知道吗

这足以让你前进吗？你知道吗