向字典中的集合添加项

Question

我有一个字典列表，它将不同的ID映射到一个中心ID。我有一个文档，其中包含与术语相关联的这些不同ID。我已经创建了一个函数，它现在有一个键，即来自文档中不同ID的中心ID。goFile是一个文档，第一列中有一个ID，第二列中有一个GOterm。mappingList是一个包含字典的列表，其中goFile中的ID映射到主ID。 我期望的输出是一个以main ID作为键的字典，以及一个以go术语作为值的集合。你知道吗

def parseGO(mappingList, goFile):

    # open the file
    file = open(goFile)

    # this will be the dictionary that this function returns
    # entries will have as a key an Ensembl ID
    # and the value will be a set of GO terms

    GOdict = {}
    GOset = set()

    for line in file:

        splitline = line.split(' ')

        GO_term = splitline[1]
        value_ID = splitline[0]


        for dict in mappingList:
            if value_ID in dict:
                ENSB_term = dict[value_ID]

        #my best try
        for dict in mappingList:
            for key in GOdict.keys():
                if value_ID in dict and key == dict[value_ID]:
                  GOdict[ENSB_term].add(GO_term)

        GOdict[ENSB_term] = GOset

    return GOdict   

我的问题是，现在我必须将文档中与不同ID相关联的术语添加到文档的中心ID中。为了避免重复，我使用了一个集合（GOset）。我该怎么做？我的所有try都将所有术语映射到所有主id。
一些示例：

mappingList = [{'1234': 'mainID1', '456': 'mainID2'}, {'789': 'mainID2'}]

GO文件：

1234    GOTERM1
1234    GOTERM2
456    GOTERM1
456    GOTERM3
789    GOTERM1

预期产量：

GOdict = {'mainID1': set([GOTERM1, GOTERM2]), 'mainID2': set([GOTERM1, GOTERM3])}

Answer 1

首先，您不应该使用变量名'dict'，因为它会隐藏内置的dict类，会在某个时候给您带来问题。你知道吗

以下几点应该对您有用：

from collections import defaultdict

def parse_go(mapping_list, go_file):
    go_dict = defaultdict(set)

    with open(go_file) as f:                    # Better garbage handling using 'with'
        for line in f:
            (value_id, go_term) = line.split()  # Feel free to change the split behaviour
                                                # work better for you.
            for map_dict in mapping_list:
                if value_id in map_dict:
                    go_dict[map_dict[value_id]].add(go_term)

    return go_dict

代码相当简单，但这里有一个分解。你知道吗

我们使用默认字典而不是普通字典，这样就可以消除所有if in或setdefault()样板。你知道吗

对于文件中的每一行，我们检查第一项（value_id）是否是任何映射字典中的键，如果是，则将第二项（go_term）的行添加到字典中该value_id的set。你知道吗

编辑：请求在没有defaultdict()的情况下执行此操作。假设go_dict只是一个普通字典（go_dict = {}），for循环如下所示：

        for map_dict in mapping_list:
            if value_id in map_dict:
                esnb_entry = go_dict.setdefault(map_dict[value_id], set())
                esnb_entry.add(go_term)