获取PDB文件时出错

Question

我正在尝试使用下载PDB文件生物.PDB模块（生物电话）。登录号列表来自一个数据帧。这是我目前使用的代码：

def get_pdb(accession, dir='/Users/my_folder'):
    pdb1 = PDBList()
    pdb1.retrieve_pdb_file(accession, pdir=dir)

for i in df.loc[:, 'Structure_(PDB)_id']:
    get_pdb(i)

代码能够将2个文件下载到我的\u文件夹中，但是在那之后，出现了以下错误：550 Can\'t change directory to pdb1p87.ent.gz: No such file or directory

有什么帮助或暗示吗？可能是FTP问题？你知道吗

Answer 1

为了获取我的pdb文件，我使用以下URL https://files.rcsb.org/download/1p87.pdb

我的获取例程看起来有点像这样：

import os
import requests as re

def fetchpdb(pdb,dir):
    with open(os.join(dir,str(pdb)+'.pdb'),mode='wb') as f:
        resp = re.get('https://files.rcsb.org/download/'+str(pdb))
        f.write(resp.content)

这个例程没有ftp的缺点生物.PDB正在使用。你知道吗

如果允许您引入requests作为依赖关系，我建议您这样做。你知道吗

如果你对代码有任何疑问，可以直接问。你知道吗