如何在biopython entrez.esearch中下载完整的基因组序列

Question

我只需要从NCBI（GenBank（full）格式）下载完整的基因组序列。我感兴趣的是‘全基因组’而不是‘全基因组’。

我的剧本：

from Bio import Entrez
Entrez.email = "asiakXX@wp.pl"
gatunek='Escherichia[ORGN]'
handle = Entrez.esearch(db='nucleotide',
     term=gatunek, property='complete genome' )#title='complete genome[title]')
result = Entrez.read(handle)

结果我只得到小片段的基因组，大小约为484bp：

LOCUS       NZ_KE350773              484 bp    DNA     linear   CON 23-AUG-2013
DEFINITION  Escherichia coli E1777 genomic scaffold scaffold9_G, whole genome
       shotgun sequence.

我知道如何通过NCBI网站手动完成，但非常耗时，我在那里使用的查询：

escherichia[orgn] AND complete genome[title]

结果我得到了多个基因组，大小范围约为5154862bp，这是我需要通过ENTREZ.esearch做的。

Answer 1

这对我有用。。。

search_term = 'escherichia coli[orgn] AND complete genome[title]'
handle = Entrez.esearch(db='nucleotide', term=search_term)
genome_ids = Entrez.read(handle)['IdList']

for genome_id in genome_ids:
    record = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=genome_id, rettype="gb", retmode="text")

    filename = 'generated/genBankRecord_{}.gb'.format(genome_id)
    print('Writing:{}'.format(filename))
    with open(filename, 'w') as f:
        f.write(record.read())