python特定网络数据结构，广度优先搜索

Question

标题可能有点不清楚，但给一个简短的解释，我应用了一些生物网络，如蛋白质网络编程。我想使用广度优先搜索来计算一些值。以下是我目前正在使用的网络的一个示例：

另一方面，节点没有命名并不意味着它不是节点。只是意味着它的名字对网络意义不大。

更简单的例子：

我这里的问题是，我需要用一个数据结构来表示这个网络，我需要用这个数据结构为每个节点计算2个值：

• 一个节点的信号路径数（从输入到输出有多少条路径包括该节点）

• 一个节点的反馈循环数（节点所在的循环路径数）

我需要为网络中的每个节点计算这些值。之所以想到Python，是因为它是生物信息学的标准，但我对具有潜在内置结构的其他语言持开放态度。在Python中，唯一想到的是某种形式的DFA/dictionary协议来表示这种网络，但是我在这里发布这个问题是为了看看是否还有其他人有更好的想法。你知道吗

Answer 1

NetworkX运行良好。如果您阅读了documentation的第4.39.2节，您将看到如何使用NetworkX进行BFS