在python脚本中循环执行awk

Question

我有一个包含15列的表格文件，我想在循环中为该文件的每一行执行2个awk命令（我正在python脚本中生成许多其他函数，因此这些awk命令应该在我的脚本中）

#!/usr/bin/python3

import subprocess
import csv


strand_signature = "awk '{if($10 > $11) {$16='-'}; else {$16='+'}}' row"
strand_correction = "awk '{n1=$10;n2=$11;if($10 > $11) {$10=n2; $11=n1}' row"


with open('my_file.csv') as csv_file:
    csv_reader = csv.reader(csv_file, delimiter='\t')
    for row in csv_reader:
        subprocess.call(strand_signature, shell=True)
        subprocess.call(strand_correction, shell=True)
        print(row)

简而言之：我要执行的每个命令都存储在两个变量中：strand\u signature和strand\u correction。所以我逐行读取csv文件并调用这两个脚本，但是在打印测试中，修改不会发生。你知道吗

有人能解释一下我犯了什么错误吗？你知道吗

Answer 1

编写脚本最简单的方法是编写单独的行，甚至只是行的一部分，运行、测试，确保它正常工作，然后继续下一部分。这样，你一次只需要解决几个问题。你知道吗

相反，您选择了最困难的方法：编写整个脚本，然后尝试解决所有问题。这意味着您必须同时考虑以下所有问题，因为每一个问题都是一个完整的问题：

1. 您的第一个awk命令在语法上无效，因为您试图在单引号中嵌套单引号，而不引用或转义它们。你知道吗
2. 您的第二个awk命令在语法上无效，因为它缺少}
3. awk命令都不输出任何内容
4. 您可以指定row作为awk的文件名，即使这是Python列表而不是文件
5. 您从未从awk读取或写入任何Python数据
6. 即使您这样做了，awk也是基于行的，而不是基于Python列表的，因此您必须相应地进行连接和拆分

最好的选择是扔掉所有的awk，改用Python。这样写和运行起来更简单、更健壮，而且速度更快：

with open('my_file.csv') as csv_file:
    csv_reader = csv.reader(csv_file, delimiter='\t')
    for row in csv_reader:
        if float(row[9]) > float(row[10]):
            row[15] = "-"
        else:
            row[15] = "+"
        # ...
        print(row)