awk:致命：无法打开文件“file”进行读取（权限被拒绝）

Question

下面的一段代码是一个较大程序的一部分，我正在远程服务器上通过一个批处理脚本运行该程序，第一行是#!/bin/bash -l。你知道吗

在我的本地机器上，它正常运行，但在远程服务器上出现权限问题。怎么了？你知道吗

代码的描述对问题可能并不重要，但基本上代码使用awk根据文件名处理文件的内容。你知道吗

为什么awk拒绝对这些文件进行操作？当我在远程服务器的shell提示符下直接运行awk时，它工作正常。你知道吗

#!/usr/bin/env python

list_of_files = ["file1", "file2", "file3"]

for file in list_of_files:
       awk_cmd = '''awk '/^>/{print ">" substr(FILENAME,1,length(FILENAME)) ++i; next} 1' ''' + file +  " > tmp && mv tmp " + file + \
                 " | cat files > 'pooled_file' "
       exitcode = subprocess.call(awk_cmd, shell=True)

任何帮助都将不胜感激。你知道吗

Answer 1

我很确定这是一个权限问题，因为当你登陆到远程机器时，它不会登陆到你的输入文件所在的目录，当然它会登陆到远程服务器上登录用户的主目录。因此，使用完整路径提及文件名是一种很好的做法（请确保目标位置中也存在具有给定路径的文件名，否则您可以在其上编写一个包装器来检查文件是否存在）。你能试试下面的吗。你知道吗

#!/usr/bin/env python

list_of_files = ["/full/path/file1", "/full/path/file2", "/full/path/file3"]

for file in list_of_files:
       awk_cmd = '''awk '/^>/{num=split(FILENAME,array,"/");print ">" substr(array[num],1,length(array[num])) ++i; next} 1' ''' + file +  " > tmp$$ && mv tmp$$ " + file + \
                 " | cat files > 'pooled_file' "
       exitcode = subprocess.call(awk_cmd, shell=True)

我没有测试它，但是我已经按照完整路径更改了它，因为awk将打印带有文件名的完整路径，所以我已经将代码中的FILENAME更改为按照数组的位置，为了安全起见，我还将tmp临时文件更改为tmp$$。你知道吗