我想知道有没有一种方法可以使用python range命令选择一系列文件,实际上我正在运行modeler 9.11来进行蛋白质同源性建模?你知道吗
这是python脚本:
from modeller import *
from modeller.scripts import complete_pdb
log.verbose() # request verbose output
env = environ()
env.io.atom_files_directory = './Build_models'
env.libs.topology.read(file='$(LIB)/top_heav.lib') # read topology
env.libs.parameters.read(file='$(LIB)/par.lib') # read parameters
for i in range(1, 5):
# read model file
code = "Brn3a.B99990000%00d1.pdb" % i
mdl = complete_pdb(env, code)
s = selection(mdl)
s.assess_dope(output='ENERGY_PROFILE NO_REPORT', file='Brn3aloop.profile',
normalize_profile=True, smoothing_window=15)
我想读一组保存在Build\u models目录中的蛋白质结构,如下所示:
可执行文件的输出如下所示
pdbnam_____E> Filename for PDB code not found: Brn3a.B9999000011.pdb
Directories: ./Build_models
那么我如何设置范围来选择上面提到的列表呢?你知道吗
你就快到了;你的格式应该是:
你有太多的零和多余的
1
。你知道吗您还需要记住,范围中的停止值是而不是包含的,因此要获得数字1-5,您需要将1添加到停止参数:
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