脚本（python，applescript，bash）使用ndpi2tiff将一组金字塔平铺图像自动转换为一组大tiff？

Question

我觉得这应该是一个非常简单的解决方案，但我似乎仍然无法让它发挥作用。你知道吗

我有几百个（还有更多！）病理组织学病例的大金字塔平铺图像创建了一个hammamatsu扫描仪，该扫描仪以NDPI格式输出图像，即全幻灯片成像（WSI）。在一个名为NdpiTools的包中已经有一个名为ndpi2tiff的工具，它完成了最难的部分。它将分析一个ndpi文件(XYZ.ndpi文件)并创建一个新的tiff文件(XYZ.tif公司). 不幸的是，您不能使用*.ndpi通配符参数，而只能批量转换所有文件。一个接一个地转换它们是不切实际的。我把applescript弄得乱七八糟（在Mac上，但是安装了python），只得到了一些错误，要么没有输入被定向到ndpi2tiff，要么它试图对目录/文件夹而不是其中的文件进行操作。你知道吗

用法是：ndpi2tiff-options[image2转换.ndpi]你知道吗

位于/usr/local/bin

https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/

有什么建议吗？你知道吗

Answer 1

可以在命令行（bash）上使用find和-exec：

find . -name '*.ndpi' -exec ndpi2tiff -options {} \;

您可以使用任何您喜欢的选项（替换-options）。你知道吗

Answer 2

Bashfor循环也可以完成以下任务：

#!/bin/sh

cd /PATH/TO/YOUR/IMAGES

for filename in `ls *.ndpi`; do
    ndpi2tiff "$filename"
done

不是最直观的语言，但它有它的用途。你知道吗