Pims“意外的关键字参数”和“无效的ImageJ元数据或损坏的文件”

2024-06-08 17:40:15 发布

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上下文: 我想用trackpy软件包做研究。我用的是Mac,我用的是Spyder。我正在跟踪trackpy演练(https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html),并尝试在tif文件中使用它。这是我的密码:

#Install trackpy (https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/installation.html)
!conda update conda --yes
!conda install -c conda-forge trackpy --yes

#Use trackpy (trackpy walkthrough: https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html)
from __future__ import division, unicode_literals, print_function
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline

import numpy as np
import pandas as pd
from pandas import DataFrame, Series
import pims
import trackpy as tp

#Install libtif for pims.Tiffstack, per the README (which leads to this link: http://nbviewer.jupyter.org/github/soft-matter/pims/blob/master/examples/loading%20video%20frames.ipynb)
!conda install libtiff --yes

frames = pims.TiffStack("/Users/(my username)/Documents/TSVIEW_Test_5_Grey_1.tif", as_grey=True)

问题:当我第一次编写代码时,出现了错误:

TypeError: init() got an unexpected keyword argument 'as_grey'

根据trackpy演练,它应该像参数一样采用灰色。你知道吗

但是,当我重新启动计算机时,我收到了一条不同的错误消息(据我所知,没有任何代码更改):

/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/tifffile/tifffile.py:2113: UserWarning: invalid ImageJ metadata or corrupted file warnings.warn('invalid ImageJ metadata or corrupted file')

再次强调,我没有在重新启动之间更改代码。你知道吗

有趣的是,当我在另一个运行python的软件中尝试这段代码时,又出现了第一个错误。我在googlecolab上试过。我对代码所做的唯一更改是使用pip而不是conda(Colab仅支持pip),根据trackpy安装页(https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/installation.html)下载pip所需的附加依赖项,并根据Colab指南“外部数据:驱动器、工作表和云存储”将文件上载到Colab。你知道吗

我尝试过的事情: 我已经研究了这两个问题。对于第一个问题,我发现一个页面询问了相同的问题(pims.Video parameter issue in Spyder),但提供的唯一解决方案是“安装问题”,其中某些模块“来自错误的源”,这是什么意思?如何从正确的源安装模块?你知道吗

第二,我在pims网站上发现pims基于tiffile依赖(http://soft-matter.github.io/pims/v0.4/tiff_stack.html)。然后我找到了产生错误消息的代码(来自TIFF文件.py第https://github.com/scikit-image/scikit-image/blob/master/skimage/external/tifffile/tifffile.py页),但我仍然不知道如何解决它。你知道吗

如何解决这些错误?你知道吗


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