当我试图修改染色体名称不跟在输入文件染色体名称后面的代码时,我遇到了这个错误。基本上,下面的代码是读取输入文件并通知较短序列的位置,并根据文件中给出的信息输出位置序列。例如,在chr4:154742507-154742714中,值151表示第一个碱基的位置,“CCCAGGCTGG”位置是173-182。因此,使用下面的代码应该能够通过添加173到154742507返回我的确切位置,并获得下面的输出。有人能帮我吗?你知道吗
下面是输入文本文件的示例代码。你知道吗
输入.txt
chr4:154742507-154742714
CCCAGGCTGG
151 AGTCTTGCTTTTTTTGTCGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCAC
chr9:47303792-47303999
CCAGCCTGGG
1 TCCAGCCTGGGTGACAGCGTGAGGCTCTTGTCTCAAATAGAAAAAAAACAAAGAACAAAAAACAAAAAACCACCA
输出
chr1 154742680 154742690
chr1 47303794 47303804
预期产量
chr4 154742680 154742690
chr9 47303794 47303804
代码
import re # regular expressions, not needed (alternatives: the `split` method) but convenient
result = []
output_file=open('output.bed','w')
with open('Input.txt') as f:
for line in f:
if line.startswith('chr'):
label = line.strip()
elif line[0] == ' ':
# short sequence
length = len(line.strip())
# find the index of the beginning of the short sequence
for i, c in enumerate(line):
if c.isalpha():
short_index = i
break
elif line[0].isdigit():
# long sequence
n = line.split(' ')[0]
# find the index of the beginning of the long sequence
for i, c in enumerate(line):
if c.isalpha():
long_index = i
break
start = int(n) + short_index - long_index
start -= 1
end = start + length
result.append('{} {} {}'.format(label, start, end))
offset, n, start, length = 0, 0, 0, 0
output_line= "\n".join(result)
output_file.write(output_line)
output_file.close()
output_file=open('last_output.bed','w')
with open('output.bed') as fin:
for line in fin:
start, _, offset_start, offset_end = re.search(r'[^:]*:(\d+)\D+(\d+)\D+(\d+)\D+(\d+)', line).groups()
output_line=('chr1\t{}\t{}\n'.format(int(start) + int(offset_start) + 1,int(start) + int(offset_end) + 1))
output_file.write(output_line)
output_file.close()
如果我正确理解了这个问题,那么您遇到的问题只与错误输出的染色体数(
chr##
)有关。你知道吗这似乎有点明显。在代码末尾,您将对其进行硬编码:
如果您不希望输出总是显示
chr1
,那么您需要更改它。你知道吗上一行的正则表达式似乎与文件中的染色体号匹配,只是没有将其捕获到一个组中,以便以后使用。尝试:
这仍然是相当丑陋,但应该工作。请注意,如果您从初始循环中获得正确的输出,而不是写出中间格式然后需要重新分析它,则会容易得多。你知道吗
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