在python中使用pdist（）和您定义的自定义距离函数

Question

我对python中^{}的使用很感兴趣，它对于我正在开发的一些应用程序来说变得非常有用和快速。

我需要使用一个成对距离函数，这是自定义的，而不是由度量定义的标准默认距离度量。举个简单的例子，假设我不想使用euclideandistance函数，如下所示：

 Y = pdist(X, 'euclidean')

相反，我想自己定义欧几里德函数，并将其作为函数或参数传递给pdist()。如何将euclidean距离函数的实现传递给此函数以获得完全相同的结果。这个问题的答案，将帮助我以我感兴趣的方式使用这个函数。

在MATLAB中，我知道如何使用pdist()，在Python中我还不知道。谢谢你的建议

Answer 1

在documentation for ^{}中有一个示例：

import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist

dm = pdist(X, lambda u, v: np.sqrt(((u-v)**2).sum()))

如果要使用正则函数而不是lambda函数，则等效的

import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist

def dfun(u, v):
    return np.sqrt(((u-v)**2).sum())

dm = pdist(X, dfun)