用python igraph绘制社区

Question

我在python I graph中有一个图g。我可以通过以下方法获得一个VertexCluster社区结构：

community = g.community_multilevel()

community.membership给出了图中所有顶点的组成员列表。

我的问题很简单，但还没有找到一个特定于python的答案。如何绘制具有社区结构可视化的图形？最好是PDF格式，所以

layout = g.layout("kk")
plot(g, "graph.pdf", layout=layout) # Community detection?

非常感谢。

Answer 1

使用mark_groups可以很好地绘制社区：

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示例：

from igraph import *
import random
random.seed(1)


g = Graph.Erdos_Renyi(30,0.3)
comms = g.community_multilevel()


plot(comms, mark_groups = True)

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结果如下：

希望这有帮助。

Answer 2

可以将VertexClustering对象直接传递给plot函数；它将自动绘制底层图形，并为集群自动选择颜色。可以在layout=中指定所需的布局。。。关键字参数和往常一样。

Answer 3

顶点在layout、graph和VertexCluster中保持顺序，因此可以执行以下操作：

查找社区结构中的社区数：

>>> max(community.membership)
10

然后创建一个带有max + 1唯一颜色的列表/字典（可能不是像下面这样手动创建的）：

>>> color_list = [
...     'red',
...     'blue',
...     'green',
...     'cyan',
...     'pink',
...     'orange',
...     'grey',
...     'yellow',
...     'white',
...     'black',
...     'purple'
... ]

然后，使用列表理解，根据每个顶点的组成员关系创建一个包含每个顶点颜色的列表，并将其分配给vertex_color：

plot(g, "graph.png", layout=layout,
     vertex_color=[color_list[x] for x in community.membership])

结果（真漂亮！）