如何在iPython笔记本中使用d3.js可视化图形？

Question

我有一个图表，我想用d3.js可视化。具体来说，我有一个邻接矩阵，如下所示（数据的选择，而不是完整的集合）：

Node 1    Node 2    Weight
A         B         1.0
A         C         1.0
A         D         1.5
B         D         1.0
...

我想能够使用一个力定向图来显示我的网络，特别是。

我知道如何创建NetworkX图形，但我希望能够在d3.js中尝试，因为我希望以后能够添加节点属性的mouseover显示，我认为可以使用d3，但不能使用matplotlib。

我试过使用d3py，但我甚至不能让这个基本的例子起作用，我读到NetworkX的例子坏了，repo已经有一段时间没有更新了。有没有人知道我是否还有别的办法可以尝试，或者有人可以给我指一个第一步的方向？

Answer 1

如果您对另一个JavaScript框架很满意，那么我们已经构建了http://www.github.com/graphistry/pygraphistry。其思想是使用WebGL呈现大图形（pan/zoom/etc），并将大部分实时计算（布局、过滤器等）卸载到GPU云。下面有一个类似于D3的API来控制它。不过，对于大多数应用来说，它更容易实现，因为它简化了常见的大型图形操作和分析。

Answer 2

这里有一个NetworkX示例，它使用d3.js force布局：http://networkx.github.io/documentation/latest/examples/javascript/force.html

它只是从networkx中编写一个JSON格式的图形对象，d3.js可以在web浏览器中加载该对象以获得交互式绘图。这段代码有点花哨，因为它还可以为您提供web浏览器部分。

运行它所需的所有代码（包括d3部分）都在存储库中https://github.com/networkx/networkx/tree/master/examples/javascript