Python获取Pandas的Apply函数的值的索引

Question

我必须重新编码一些我必须编码的单倍型。我把它们放在一个由305行和129902列组成的Pandas数据帧上，看起来像这样（只有一列20行）：

rs#                                                  rs12914615  
SNPalleles                                                  C/T  
chrom                                                     chr15  
pos                                                    98259206  
strand                                                        +  
genome_build                                           ncbi_B36  
center                                               affymetrix  
protLSID      urn:LSID:affymetrix.hapmap.org:Protocol:Genome...  
assayLSID     urn:LSID:affymetrix.hapmap.org:Assay:SNP_A-837...  
panelLSID         urn:lsid:dcc.hapmap.org:Panel:CEPH-30-trios:1  
QC_code                                                     QC+  
NA06985                                                      CT  
NA06991                                                      CT  
NA06993                                                      CT  
NA06993.dup                                                  CC  
NA06994                                                      CC  
NA07000                                                      CC  
NA07019                                                      CT  
NA07022                                                      CT  

这样做的目的是比较每个个体的值（NA06…）是否与野生型（SNPalleles行的第一个字母）具有相同的核苷酸，或者如果没有，则相应地进行编码。在

我的问题是我不知道如何在引用同一列中另一行上的wildtype时遍历数据帧。在

输出应该如下所示：

^{pr2}$

0为野生型（CC为该基因），1为杂合子（CT），2为突变纯合子（TT）。在

谢谢你的帮助。在

Answer 1

df.filter(
    like='NA', axis=0
).eq(df.loc['SNPalleles'].str.replace('/', '')).astype(int)

             rs12914615
rs#                    
NA06985               1
NA06991               1
NA06993               1
NA06993.dup           0
NA06994               0
NA07000               0
NA07019               1
NA07022               1