我正在尝试创建一个名为“common_祖先()”的函数,它接受两个输入:第一个是字符串分类单元名称的列表,第二个是系统发生树字典。它应该返回一个字符串,给出分类单元的名称,这个分类单元是所有 输入列表中的物种。已经创建了一个名为“list_祖先”的单独函数,它给了我列表中元素的一般祖先。还有,有一本我正在用的词典。在
tax_dict = {
'Pan troglodytes': 'Hominoidea', 'Pongo abelii': 'Hominoidea',
'Hominoidea': 'Simiiformes', 'Simiiformes': 'Haplorrhini',
'Tarsius tarsier': 'Tarsiiformes', 'Haplorrhini': 'Primates',
'Tarsiiformes': 'Haplorrhini', 'Loris tardigradus':'Lorisidae',
'Lorisidae': 'Strepsirrhini', 'Strepsirrhini': 'Primates',
'Allocebus trichotis': 'Lemuriformes', 'Lemuriformes': 'Strepsirrhini',
'Galago alleni': 'Lorisiformes', 'Lorisiformes': 'Strepsirrhini',
'Galago moholi': 'Lorisiformes'
}
def halfroot(tree):
taxon = random.choice(list(tree))
result = [taxon]
for i in range(0,len(tree)):
result.append(tree.get(taxon))
taxon = tree.get(taxon)
return result
def root(tree):
rootlist = halfroot(tree)
rootlist2 = rootlist[::-1]
newlist = []
for e in range(0,len(rootlist)):
if rootlist2[e] != None:
newlist.append(rootlist2[e])
return newlist[0]
def list_ancestors(taxon, tree):
result = [taxon]
while taxon != root(tree):
result.append(tree.get(taxon))
taxon = tree.get(taxon)
return result
def common_ancestors(inputlist,tree)
biglist1 = []
for i in range(0,len(listname)):
biglist1.append(list_ancestors(listname[i],tree))
"continue so that I get three separate lists where i can cross reference all elements from the first list to every other list to find a common ancestor "
结果应该是
^{pr2}$
一种方法是收集每个物种的所有祖先,将他们放在一个集合中,然后得到一个交集,得到它们的共同点:
您也可以将此函数的“中间”部分用于
^{pr2}$list_ancestors()
-无需通过查找树的根来使其复杂化:当然,两者都依赖于一个有效的祖先树字典——如果一些祖先在他们自己身上递归,或者如果链条上有一个断裂的话,那就不起作用了。另外,如果你要做很多这样的操作,把你的平面字典变成一个合适的树可能是值得的。在
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