使用python读取.nc（netcdf）文件

Question

我试图学习如何以最简单/最快的方式使用Python读取.nc（netcdf）文件。我听说可以用3行代码来完成，但我真的不知道怎么做。

我在运行MITgcm数值模型。我正在尝试一种简单的方法来可视化输出数据，就像NCview这样的程序一样，但是使用Python，所以我可以自定义要读取的参数和所有内容。

我发现这个：

from matplotlib import pyplot as plt
import pandas as pd
import netCDF4
fp='uwstemp.nc'
nc = netCDF4.dataset(fp)
plt.imshow(nc['Temp'][1,:,0,:])
plt.show()

它的工作原理和我想要的差不多，但我想一个字一个字地理解它在做什么。我想“Temp”是我的变量之一，但我不知道如何找出我所有的变量。

特别是，我不明白我试图更改它而不编译它的原因；但是我不明白它在做什么以及为什么会有这些数字。

Answer 1

我也用MITgcm。假设有state.nc输出。 首先，确保导入所需的所有内容：

from scipy.io import netcdf
import numpy as np
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

读取数据的最简单方法是：

file2read = netcdf.NetCDFFile(path+'state.nc','r')
temp = file2read.variables[var] # var can be 'Theta', 'S', 'V', 'U' etc..
data = temp[:]*1
file2read.close()

然后，快速绘制时间t处的层z的方法是：

plt.contourf(data[t,z,:,:])

为了回答你的问题，我评论了代码：

from matplotlib import pyplot as plt # import libraries
import pandas as pd # import libraries
import netCDF4 # import libraries
fp='uwstemp.nc' # your file name with the eventual path
nc = netCDF4.Dataset(fp) # reading the nc file and creating Dataset
""" in this dataset each component will be 
in the form nt,nz,ny,nx i.e. all the variables will be flipped. """
plt.imshow(nc['Temp'][1,:,0,:]) 
""" imshow is a 2D plot function
according to what I have said before this will plot the second
iteration of the vertical slize with y = 0, one of the vertical
boundaries of your model. """
plt.show() # this shows the plot

如果要检查数据的各个维度，以便知道可以打印的内容，只需print(nc['Temp'].shape)