pythonregex将两个单词之间的文本捕获为字符串，然后附加到lis

Question

这是txt文件的结构（CDS文本源的重复单位）：

     CDS             311..>428
                     /gene="PNR"
                     /codon_start=1
                     /product="photoreceptor-specific nuclear receptor"
                     /protein_id="AAD28302.1"
                     /db_xref="GI:4726077"
                     /translation="METRPTALMSSTVAAAAPAAGAASRKESPGRWGLGEDPT"
 ORIGIN

我想把311..<；428到GEDPT“作为一个字符串 到目前为止，我的正则表达式是：

^{pr2}$

然后我使用循环将每个字符串添加到列表中：

for line in file:
    match = compiler.match(line)
    if match:
        list.append(str(match.group(1)))

但我总是得到一个空名单！有什么想法为什么？在

如果你能帮忙我会很感激的，我是新手！在

Answer 1

我假设file是一个文件指针，比如file = open('filename.txt')。如果是这样，则使用：

for line in file:

将在换行符上打断每一行。所以前三行是：

^{pr2}$

因为每条线是分开的，所以除非合并多行线，否则将无法匹配多行模式。您可以考虑使用：

compiler = re.compile(r"^\s+CDS\s+(.+?)ORIGIN", re.DOTALL|re.MULTILINE)
fp = open('filename.txt')
all_text = fp.read()         # this reads all the text without splitting on newlines
compiler.findall(all_text)   # returns a list of all matches