将字典代码合并到De Bruijn graph cod中

Question

这是一个正在进行的课堂作业。自从上一次发帖后，我想了几件事该怎么做。我在读《生物信息学算法迷失》的帖子，我想我已经知道我该怎么做了。简而言之，在一个文本文件中，我们得到了一个kmer列表，如下所示（没有行距）：

花絮

AATC公司

GCTC公司

一。在

一。在

一。在

我们假设用欧拉算法来构造超弦。我读过的大部分东西都需要构造一个deBruijn图来找到Euler的路径。为此，我决定打开kmer文本文件并使用以下代码创建词典：

with open('kmers.txt') as f:
lines=f.read()
spl=lines.split()[1:]
dic=dict((i,x.strip()) for i,x in enumerate(spl))
print (dic)

这个很好用（输出）：

{0'0:'AACA'，1:'AACG'，2:'AAGG'，3:'ACAC'，4:'ACAG'，5:'ACGC'，6:'ACGG'，7:'ACTG'，8:'AGCA'，9:'AGGA'，10:'AGGC'，11:'ATCA'，12:'ATTC'，13:'CAAG'，14:'CACA'，15:'CACG'，16:'CAGG'，17:'CATC'，18'CGCGCGG'，19:'CGGTG'，20'CGTA'21'21:'CGTG'22'CGTG'22'CTA''23'CTCT''24'CTGGGGG'25'CTTA'，25'CTTA'，26'GACT'，26'27你说，29:“GCTC”，30:“GCTT”，31:“GGAC”，32:“GGCA”，33:“GGCT”，34:“GGGT”，35:“GGTG”，36:“GGTT”，37:“GTAT”，38:“GTGC”，39:“GTGG”，40:“GTTT”，41:“TAAA”，42:“TAAC”，43:“TATT”，44:“TCAA”，45:“TCAC”，46:“TCGT”，47:“TCTA”，48:“TGCT”，49:“TGGC”，50:“TGGGGG”，51:“TTAA”，52:“TTCA”，53:“TTCG”，54:“TTTC”，55:“TTTT”}

现在，我正在尝试使用以下代码构建一个deBruijn图：

^{pr2}$

我收到以下错误：

回溯（最近一次呼叫）： 文件“test3.py”，第11行，in frm=边[：dic（边）-1] TypeError:“dict”对象不可调用

星期一我要去上班。在

Answer 1

问题在于你的台词：

edges=list(set(fin))

应该是

^{pr2}$

因为fin是一个字典，所以edges=list（set（fin））将创建一个包含所有键的整数列表。 你的缩进也是错误的，但我理解你说你没有太多的编码经验。在