为什么PDBParser无法读取所有fpocket输出文件？

Question

我用fpocket在我的PDB蛋白质结构中找到口袋。输出是一个有序的口袋列表pocket0_atm.pdb，pocket1_atm.pdb等。一些文件被读取到{}中而不会发生意外。其他人则以“断言错误”失败。在

尝试将工作的.pdb文件与失败的.pdb文件进行比较，但没有显示出一致的差异。有什么想法吗？在

下面是给我带来麻烦的相关代码部分：

def get_pdb_limits(pdb_file):
    ''' Return the X,Y,Z size limits of a PDB file. '''
    p = PDB.PDBParser()
    structure = p.get_structure('test', pdb_file)

Answer 1

根据fpocket documentation钱包_自动取款机文件只包含与用来提取口袋的球体接触的原子。换句话说，口袋文件不包含完整的残基，这可能是解析过程中出现问题的根源。在

Answer 2

如果没有stacktrace，就不可能真正知道你的问题是什么。但是，PDB.PDBParser是用来容忍和补偿PDB文件中的一些错误的。尝试将PERMISSIVE设置为True，如下所示，并查看是否仍有错误。在

p = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1)
p.get_structure("pdb_id", pdb_file)