基于scikitfmm或gdis的三维三角网格测地距离

Question

我在试着计算TOSCA数据集上的测地距离矩阵。 e、 g.以下3d网格-

我尝试过使用两个python实现。在

1. 第一个是scikit-fmm，它似乎根本不适用于三维结构（我说得对吗？）因此不适合这项任务。在

2. 另一个是gdist包，不幸的是，它在他们提供的玩具示例上起作用，但在我的网格（只有10000个面和5000个顶点）上不起作用。
   使用gdist库时，我有以下错误：

   Process finished with exit code 139 (interrupted by signal 11: SIGSEGV)
   --------CODE SNIPPET----------
   c = sio.loadmat('raw_data/TOSCA/cat0.mat')
   c = c['surface'][0][0]
   X = c[0]
   Y = c[1]
   Z = c[2]
   TRIV = c[3].astype(np.int32)
   vertices = np.array(zip(X, Y, Z)).astype(np.float64)
   vertices = np.reshape(vertices, (vertices.shape[0], 3))
   src = np.array([1], dtype=np.int32)
   trg = np.array([2], dtype=np.int32)
   
   np.random.shuffle(TRIV)
   
   a = gdist.compute_gdist(vertices,TRIV[:5000], source_indices = src, target_indices = trg)
   

还有别的解决办法吗？我是不是用错了gdist或scikit fmm？