Biopython翻译（）

Question

我有一个文件是这样的：

Type    Variant_class   ACC_NUM dbsnp   genomic_coordinates_hg18    genomic_coordinates_hg19    HGVS_cdna   HGVS_protein    gene    disease sequence_context_hg18   sequence_context_hg19   codon_change    codon_number    intron_number   site    location    location_reference_point    author  journal vol page    year    pmid    entrezid    sift_score  sift_prediction mutpred_score
1   DM  CM920001    rs1800433   null    chr12:9232351:- NM_000014.4 NP_000005.2:p.C972Y A2M Chronicobstructivepulmonarydisease  null    CACAAAATCTTCTCCAGATGCCCTATGGCT[G/A]TGGAGAGCAGAATATGGTCCTCTTTGCTCC   TGT TAT 972 null    null    2   null    Poller  HUMGENET    88  313 1992    1370808 2   0   DAMAGING    0.594315245478036
1   DM  CM004784    rs74315453  null    chr22:43089410:-    NM_017436.4 NP_059132.1:p.M183K A4GALT  Pksynthasedeficiency(pphenotype)    null    TGCTCTCCGACGCCTCCAGGATCGCACTCA[T/A]GTGGAAGTTCGGCGGCATCTACCTGGACAC   ATG AAG 183 null    null    2   null    Steffensen  JBC 275 16723   2000    10747952    53947   0   DAMAGING    0.787878787878788

我想把第13列和第14列的信息翻译成相应的氨基酸。下面是我生成的脚本：

^{pr2}$

但是，我一直得到这个错误：

TypeError: translate expected at least 1 arguments, got 0

我对自己做错了什么有点不知所措。有什么建议吗？在

https://www.dropbox.com/s/cd8chtacj3glb8d/disease_mut_splitfinal.txt?dl=0

（即使没有dropbox，文件仍可以下载）

Answer 1

您使用的是字符串方法“translate”，而不是biopython seq object方法translate，这是我假设您想要做的。您需要将字符串转换为一个seq对象，然后进行转换。试试看

from Bio import Seq    
OrigSeq = Seq.Seq(OriginalSeq_list[i])
translated_original = OrigSeq.translate()

或者

^{pr2}$