Snakemake只传递输出到shell命令中的第一个路径

Question

我试图将所有路径同时输入到snakemake中的python脚本中，如下所示：

rule neo4j:
  input:
      script = 'python/neo4j.py',
      path_to_cl = 'results/clusters/umap/{sample}_umap_clusters.csv',
      path_to_umap = 'results/umap/{sample}_umap.csv',
      path_to_mtx = 'data_files/normalized/{sample}.csv'
  output: 'results/neo4j/{sample}/cells.csv', 'results/neo4j/{sample}/genes.csv', 
      'results/neo4j/{sample}/cl_nodes.csv', 'results/neo4j/{sample}/cl_contains.csv',
      'results/neo4j/{sample}/cl_isin.csv', 'results/neo4j/{sample}/expr_by.csv',
      'results/neo4j/{sample}/expr_ess.csv'
  shell:
      "python {input.script} -path_to_cl {input.path_to_cl} -path_to_umap {input.path_to_umap} -path_to_mtx {input.path_to_mtx} -output {output}"

当我访问python脚本中的output参数时，它只看到第一个路径：'results/neo4j/{sample}/cells.csv'。我也尝试过命名每一条路径，但它没有解决问题。如何将规则的output中的所有路径作为数组或字典传递，以便以后在python中访问它们？在

Answer 1

如果我正确地理解了您的问题，您的问题是neo4j.py脚本的-output参数不接受多个文件：shell命令可能以文件的完整列表结尾（请检查-p选项的snakemake），但是脚本只考虑第一个文件。在

如果确实是这样的话，一种可能更简洁的方法是修改neo4j.py脚本的接口，使其对每个输出文件使用一个参数。在

然后按如下方式修改规则：

rule neo4j:
    input:
        script = 'python/neo4j.py',
        path_to_cl = 'results/clusters/umap/{sample}_umap_clusters.csv',
        path_to_umap = 'results/umap/{sample}_umap.csv',
        path_to_mtx = 'data_files/normalized/{sample}.csv'
    output:
        cells = 'results/neo4j/{sample}/cells.csv',
        genes = 'results/neo4j/{sample}/genes.csv',
        nodes = 'results/neo4j/{sample}/cl_nodes.csv',
        contains = 'results/neo4j/{sample}/cl_contains.csv',
        isin = 'results/neo4j/{sample}/cl_isin.csv',
        by = 'results/neo4j/{sample}/expr_by.csv',
        ess = 'results/neo4j/{sample}/expr_ess.csv'
    shell:
        """
        python {input.script} \\
             path_to_cl {input.path_to_cl} \\
             path_to_umap {input.path_to_umap} \\
             path_to_mtx {input.path_to_mtx} \\
             cells {output.cells} \\
             genes {output.genes} \\
             nodes {output.nodes} \\
             contains {output.contains} \\
             isin {output.isin} \\
             by {output.by} \\
             ess {output.ess}
        """

一些可能有用的python模块可用于设置脚本的接口：

• docopt
• argparse

---

编辑

如果您不想将每个输入文件作为一个单独的参数传递，您可以简单地传递输出目录，并让您的脚本从这个参数构建输出路径。给定所需的文件名，这似乎是可能的：

^{pr2}$

Answer 2

rule hello:
    output:
        "woot", "hoot"
    run:
        for f in output:
            print(f)
        print(output[1])

打印“woot”，“hoot”，“hoot”。在