从R到rpy2的转换函数

Question

嗨！我在R中使用了一个名为stylo的包，用于Stylemetric目的（基本上是机器学习，用于根据词法频率识别文学作者），但我在Python中使用了rpy2。在

在R中，我将执行以下操作：

library(stylo)
cosine.delta = function(x){
        # z-scoring the input matrix of frequencies
        x = scale(x)
        # computing cosine dissimilarity
        y = as.dist( x %*% t(x) / (sqrt(rowSums(x^2) %*% t(rowSums(x^2)))) )
        # then, turning it into cosine similarity
        z = 1 - y
        # getting the results
        return(z)
    }
stylo(distance.measure="cosine.delta")

现在在Python中，我知道如何调用library和函数stylo，但我不知道如何定义函数cosine.delta。有什么想法吗？我试过这样的事情：

^{pr2}$

它说{是无效语法。我一直在尝试不同的东西（其他类型的括号，使用

from rpy2.robjects.packages import importr 
base = importr('base')) 

但是什么都不管用我对R或rpy2语法都不太了解。。。在

Answer 1

您可以通过rpy2运行任何R代码，只需将其放入一个大字符串中，并将该字符串作为参数传递到R()。对于您来说，以下方法应该有效：

import rpy2.robjects as ro
R = ro.r
R.library("stylo")
R('''
    cosinedelta <- function(x){
        # z-scoring the input matrix of frequencies
        x = scale(x)
        # computing cosine dissimilarity
        y = as.dist( x %*% t(x) / (sqrt(rowSums(x^2) %*% t(rowSums(x^2)))) )
        # then, turning it into cosine similarity
        z = 1 - y
        # getting the results
        return(z)
    }
    ''')
R('stylo(distance.measure=\"cosinedelta\")')

这基本上只是R代码（用cosinedelta而不是cosine.delta，不确定这是否重要），包装在''' '''中使其成为python中的多行字符串，R( )将其包装成R代码执行。在

最后一行代码的工作方式类似。为了安全起见，我将反斜杠放在应该直接传递到R中的引号前面，以确保python不会尝试对它们做任何有趣的事情，而是将它们按应该的方式传递给R。在

对于这个答案，我基本上改编了documentation中的一个例子，你自己来看看可能也很有用。在