使用anaconda en运行crontab作业

Question

我想让cron作业使用一个已经存在的名为my env的anaconda python环境执行一个python脚本。我唯一能想到的是让cron作业运行一个名为my_script.bash的脚本，然后激活env并运行python脚本。

#!/bin/bash
source activate my_env
python ~/my_project/main.py

尝试从命令行执行此脚本无效：

$ sh scripts/my_script.bash
scripts/my_script.bash: 9: scripts/my_script.bash: source: not found

我需要做什么来确保正确的环境被激活。像我5岁那样向我解释是可以的。

Answer 1

在我的例子中，当我运行这行shell脚本时出现了这个错误：source activate my_env

activate: No such file or directory

所以我把source activate my_env改成source /path/to/conda/bin/activate my_env。然后开始工作。

Answer 2

我最近从canopy切换到Anaconda正是为了避免在cron作业中激活env。 基于路径环境变量，Anaconda使这一点非常简单。（我使用的miniconda不是完整的水蟒安装程序，但我相信水蟒应该以相同的方式工作）

有两种不同的方法，我已经测试过了

• 在python脚本中添加一个shebang，main.py

  #!/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin/python

• 将路径添加到crontab的顶部

  PATH=/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin

更新：

杰罗姆的回答和卡布里克的评论是正确的。我刚刚在Conda环境中使用了上述方法，这个环境需要pynco,，而这个环境需要完整的Conda环境来找到合适的nco命令，例如ncks, ncrcat.，通过从cron运行bash脚本来解决，cron首先调用Conda activate。

Answer 3

不要调用sh，而是调用bash。source是bash命令。

- sh scripts/my_script.bash
+ bash scripts/my_script.bash

或者只是

chmod +x scripts/my_script.bash
./scripts/my_script.bash

因为你加了一个猛击。