在drmaa-python中将作业数组索引作为参数传递

Question

我使用的是lsf drmaa实现，并通过drmaa python进行接口。我通常将环境变量$LSB_JOBINDEX传递到运行.sh脚本作为参数。通过drmaapython，我创建了JobTemplate jt，并希望将其作为参数传递。我尝试过使用参数化索引，但是这个命令对我无效：jt.args = [str(drmaa.JobTemplate.PARAMETRIC_INDEX)]。在

我收到以下错误：

W #29c0 [  1227.22]  * '$drmaa_incr_ph$' can not be expanded in '$drmaa_incr_ph$'; removing from string

我哪里出错了和/或如何使用其他方法传入索引？谢谢——

Answer 1

您应该能够（在运行脚本中）通过环境变量$SGE_TASK_ID引用PARAMETRIC_INDEX的值。qmaster在提交相应作业时，负责用脚本中的每个数组索引值扩展/填充$SGE_TASK_ID。在