索引器错误：“import pybel”上的“列表索引超出范围”

Question

我正在开发一个web应用django，当我安装openbabel并试图导入pybel时，我遇到了一个错误

我使用的是venv，当我执行所有这些命令时，它是激活的

我这样安装openbabel：

sudo apt-get install python-openbabel

我也试过：

sudo apt-get install openbabel libopenbabel-dev swig

然后我做了：

pip install openbabel

之后，我尝试导入pybel（在导入openbabel之后）

这是实际结果：

>>> import pybel
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 94, in <module>
    descs = _getpluginnames("descriptors")
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 84, in _getpluginnames
    return [x.split()[0] for x in plugins]
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 84, in <listcomp>
    return [x.split()[0] for x in plugins]
IndexError: list index out of range

有什么帮助吗？在

Answer 1

正如@Manu mathew所说，this is a bug，但不是在Python的openbabel包中，而是在它包装的openbabelC库中（由openbabelapt包提供）。在

这个bug在版本openbabel/2.3.2+dfsg-3中得到了修复，对于你的ubuntuxenial（从Python版本来看）is not available。在

所以你需要升级你的发行版。修复程序是可用的since Bionic，但为了获得最佳结果，请升级到最新的发行版（请参见下面的解释）。在

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除此之外

• 安装python-openbabelapt包是无用的，因为it's for Python 2。python3的包名为“python3-openbabel”，但是there's no such package。所以您必须从PyPI安装绑定。在
• 使用apt-get全局安装Python包，使用pip将Python包安装到venv中是多余的。
  • _{如果您使用的是旧发行版，那么当您将一个新的绑定包从PyPI链接到系统上的旧C库时，您也可能会受到破坏。如果bindings包是针对您的本地库构建的，它很可能是为了支持这个版本，但是谁知道这个组合测试了多少。}
• 因此，通常情况下，您应该更喜欢包装本地C库的Python包的apt-get版本，如果有可用的if you are using the system Python。通过使用^{}创建，可以使全局安装的包在venv中可用。在

{Py7>的绑定没有可用的。在这种情况下，最好使用与绑定版本相对应的C库版本，也就是说，可能是最新的版本，因为这种组合显然经过了广泛的测试。在