Python中短一维向量（2个列表）的快速卷积

Question

我想用Python（或者用带有Python接口的C语言）实现两个非常短的向量（1d）的最快卷积。卷积结果只报告第一个向量的非零值。在

示例：

main_vector = [0,0,0,1,1,1,0,0,0] # usually < 250 elements long
mask = [1,1,1]                    # usually 31 elements long
result = [0,0,0,2,3,2,0,0,0]      # result of convolution

结果是主_向量与掩码的卷积，但结果仅报告主_向量的非零值。在

我目前最快的解决方案是：

^{pr2}$

在Cython或其他接口中有没有更快的方法来实现这一点？任何想法都非常感谢。我用这个来做生物信息学中的基序搜索，我执行了很多这样的卷积。在