在中调用Fortran例程西皮。特别在一个因麻木而颤抖的功能中

Question

有没有一种方法可以直接或间接地调用https://github.com/scipy/scipy/tree/master/scipy/special/cdflib中可以找到的Fortran例程，scipy.stats所使用的函数应该是numba在nopython模式下编译的？在

具体地说，因为scipy.stats.norm.cdf()相当慢，所以我现在直接使用scipy.special.ndtr，它由前者调用。但是，我是在一个循环中执行此操作，我的目的是使用numba来加速它。在

Answer 1

如果您只需要普通的CDF，那么可以使用标准库的math模块中的erfc函数来实现它。在

import numba
from math import erfc, sqrt

SQRT2 = sqrt(2.0)

@numba.jit(nopython=True)
def normcdf(x):
    # If X ~ N(0,1), returns P(X < x).
    return erfc(-x / SQRT2) / 2.0

您可以使用numba.vectorize而不是numba.jit来矢量化它。在

Answer 2

我来看看rvlib，它使用Numba和CFFI调用RMath，这是R用来计算统计分布的独立C库。它提供的函数应该可以由Numba在nopython模式下调用。请看自述文件中的函数示例，该函数相当于scipy.stats.norm.cdf()

如果您仍然对自己包装cdflib感兴趣，我建议您使用CFFI。你必须为你想要的函数建立一个C接口。你可能会发现我写的这篇博文对入门很有帮助：

https://www.continuum.io/blog/developer-blog/calling-c-libraries-numba-using-cffi