lmtest/lrtest投掷数据帧数据通过rpy2时出错

Question

我有一个错误，只有当我通过rpy2从用户定义函数调用lrtest（从lmtest包）时才会发生。在

右侧：

continuous.test <- function(dat) {
  require('lmtest')
  options(warn=-1)
  model <- lm(formula='pheno ~ .', data=dat)
  anova <- lrtest(model,'interaction')
  pval  <- anova$"Pr(>Chisq)"[2]
}

当我从R解释器调用这个函数时，一切都正常运行。但是，当从下面的python代码片段调用时，我收到一个错误。注意，这个特定的python文件成功地调用了rpy2。在

Python：

^{pr2}$

错误：

Error in is.data.frame(data) : object 'dat' not found
Traceback (most recent call last):
  File "./test_r_.py", line 83, in <module>
    pval = continuous_test(kway_dat)
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/rpy2-2.2.6dev_20120806-py2.6-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 82, in __call__
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/rpy2-2.2.6dev_20120806-py2.6-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 34, in __call__
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in is.data.frame(data) : object 'dat' not found

故障排除：

• 我已经在R中测试了代码，一切正常。在
• 我已经通过rpy2将一个数据帧从python传递给R并调用is.数据帧（dat）从R函数返回true，因此问题是lmtest或lrtest+rpy2。在

任何帮助都会很好。谢谢大家！在

Answer 1

找到答案

问题是lrtest内部要求更新模型。一旦进入lrtest，dat就超出了范围。通过手动更新模型并使用lrtest的替代调用lrtest（model0，model1），这个问题就完全避免了。在

感谢阿希姆·泽利斯，他非常迅速地回答了。在

Answer 2

用一个独立的例子来帮助你会更容易（这样你就可以准确地再现你正在经历的事情）。在

一个可能的答案仍然是：您可能需要检查文件的内容 /path/to/user/defined/file/perm_test.r确实是你想象的那样。在

我还添加了一个自包含的存根：

r_code = """
  require('lmtest')
  options(warn=-1)
  continuous.test <- function(dat) {
    model <- lm(formula='pheno ~ .', data=dat)
    anova <- lmtest::lrtest(model,'interaction')
    pval  <- anova$"Pr(>Chisq)"[2]
  }
"""

from rpy2.robjects import packages
my_r_pack = packages.SignatureTranslatedAnonymousPackage(r_code, "my_r_pack")

# [build a demo kway_dat here]

my_r_pack.continuous_test(kway_dat)